海軍方面,由於虎門要塞司令陳策將軍巧妙運用艦艇、砲臺的火力佈置,巧妙作戰,使日本海軍難以突破虎門.3月,東京大本營派了間諜南本隆實,協助作戰.南本決定運用挑撥廣東軍閥的內閧,策反國軍以裡應外合.此時,旅居香港的前粵軍將領-李福林,成了他們的目標.但他們萬萬沒想到,李福林早加入了軍統,日方與之接觸後,戴笠授命與日方週旋,並把日方的企圖,告之余漢謀、陳策.

南本以廣東省長相誘,出錢要李召募舊屬,襲取廣州,並設法取得珠江水圖,以利佔領虎門.陳策以假的圖要李福林交給南本,並要李組成的皇協軍,假意與日軍協攻廣州,準備在廣州痛殲日軍,以削弱日軍氣焰.得到李福林相助的南本,大為振奮,以海兵團所组成彰武隊,策應李福林.並準備於4月15日,陸海進攻廣州、虎門.

4月14日,余漢謀突下令戒嚴,此一舉動令日方驚覺事機敗露,下令急攻,李福林部隊佯敗受傷,以取得日軍信任.彰武隊遭虎門部隊全殲.15日第五艦隊對虎門展開毀滅性的砲擊,在守軍的浴血奮戰下,始轉危為安,但陳策身負重傷,急送香港治療,因左腿傷勢過重而截肢,史稱第二次虎門海戰.

戰後,中央本欲懲處余漢謀,但因要保護李福林,而不得不明令褒揚余漢謀、陳策,並令郭思演將軍接替陳策,余漢謀深知自己的打草驚蛇破壞殲敵良機,極思補過,於是戰後調4個師的軍隊,前去參加武漢會戰.使得守備廣東的兵力,更加薄弱,使余吞下廣東敗戰的苦果.