在經曹錕、吳佩孚批准後，1924年9月3日，齊燮元對浙江、上海展開進攻，第二次直皖戰爭爆發，又稱江浙戰爭；

雙方在蘇南、浙北、上海大打出手，且各有空軍助戰，然而，戰局卻極為膠著；

9月8日，孫傳芳率其第2師又五個混成旅誓師建甌，號令全軍背水一戰，有死無生，有進無退；

9月11日，駐守閩浙要塞仙霞嶺的浙軍張國威部不戰而降；

盧永祥急令潘國綱浙軍第1師、周鳳岐浙軍第2師，南下阻擊孫傳芳，然周鳳岐暗中已與孫傳芳有所聯絡，潘國綱獨木難支；

9月15日，張作霖動員大軍20萬，兵分六路，進軍華北，第二次直奉戰爭爆發；

9月16日，孫傳芳攻克江山，18日攻佔衢州；當日，浙江省警察廳長夏超、浙軍第2師師長周鳳岐通電向直系投誠；盧永祥率所部3萬餘人全部避入上海。

9月17日，吳佩孚抵達北京，曹錕立即發表吳出任討逆軍總司令；吳佩孚兵分三路迎敵，總兵力20餘萬。第二次直奉戰爭，直軍有戰機70餘架助戰，奉軍有50餘架；

9月18日，孫文在韶關宣佈支持奉系、皖系，共同對直系作戰；

9月29日，孫傳芳軍沿滬杭鐵路北上攻入上海，與齊燮元軍對上海形成合圍；10月6日，孫軍攻克上海南大門松江；西路蘇軍亦連續攻克青浦、嘉定；

10月10日，中共在周恩來領導下在廣州襲擊商團，釀成“商團事變”；

10月11日，鑒於直奉戰況激烈，吳佩孚親抵山海關前線；

10月13日，浙江督軍盧永祥、淞滬護軍使何豐林通電下野，逃往日本；北京政府任命齊燮元為蘇皖贛巡閱使，孫傳芳為閩浙巡閱使兼浙江督軍，周蔭人為福建督軍，夏超為浙江省長；盧永祥殘部則由孫傳芳、齊燮元負責分別收編；上海劃歸江蘇，但華東最大兵工廠江南製造局則被孫傳芳控制。

10月11日，孫文停止北伐，令許崇智、李福林等部回師廣州，會合廖仲愷、蔣介石的黃埔學生隊，鎮壓廣州商團；至10月15日，國民黨軍隊屠殺商團2000余人，商團總指揮陳廉伯逃往香港；

10月23日，直軍第三軍總司令馮玉祥、第二軍總司令王懷慶、討逆軍副總司令王承斌、前教育總長黃郛、第二路援軍司令胡景翼、京畿警備副司令孫岳等發動“北京政變”，逮捕了大總統曹錕；10月25日，逼迫曹錕四弟直隸省長曹銳自殺；

叛軍號稱“國民軍”，意示擁護孫中山的國民黨，馮玉祥任國民軍總司令兼第一軍軍長，胡景翼任第二軍軍長，孫岳任副總司令兼第三軍軍長。

消息傳來，前線直軍士氣崩潰，奉軍軍心大振。

10月27日，馮玉祥電邀孫文北上共商國是；當日，孫文複電，告以旬日內即北上；同日，蘇俄駐華特使加拉罕拜會馮玉祥，雙方相談甚洽；此後，馮玉祥與中共亦有所接觸；

10月28日，一向嚴守中立的閻錫山突然出兵搶佔石家莊，使得河南的直軍無法北上增援；

數日內，山海關至秦皇島的直軍精銳幾乎全軍覆沒，少數逃至天津與吳佩孚會合；

11月3日，馮玉祥、胡景翼軍攻入天津市區；被囚禁中的曹錕按照馮玉祥的指示宣佈辭職；吳佩孚乘船南逃；

11月5日，國民軍將溥儀驅逐出紫禁城；

11月10日，南方直系三巨頭蘇皖贛巡閱使齊燮元、閩浙巡閱使孫傳芳、湖北督軍蕭耀南在南京聯名通電，要求北軍停止南下，推舉段祺瑞出掌國政；

中共反對孫文北上，認為孫文若與張作霖、段祺瑞、馮玉祥等軍閥相連結，則必將拋棄共產黨；