1946年6月，國共內戰全面爆發。

東北：

行轅主任熊式輝二級上將，下轄東北保安司令長官杜聿明中將；

西北：

行轅主任張治中二級上將；

華北：

行轅主任李宗仁一級上將，下轄太原綏署閻錫山一級上將、保定綏署孫連仲二級上將、張垣綏署傅作義二級上將；

華東：

徐州綏署主任薛岳二級上將；

中原：

行轅主任程潛一級上將，下轄鄭州綏署劉峙二級上將。

1946年9月，趙錫田第10軍于魯西南定陶覆沒，導致鄭州綏署主任劉峙被撤職，這是方面大員第一個被撤職的；由陸軍總司令顧祝同二級上將設立陸總鄭州指揮所，接替指揮；

鄭州綏署及主任劉峙雖被撤銷，但原鄭州綏署副主任胡宗南（中將加上將銜）卻未受波及，反而榮升新成立的西安綏靖公署主任；

1947年1月，因戴之奇99軍覆沒于蘇北，馬勵武26軍（附第一快速縱隊）、周毓英51軍覆沒于魯南，徐州綏署薛岳被解除指揮權，由參謀總長陳誠一級上將親自指揮華東戰事；

1947年2月，因韓練成46軍、韓浚73軍覆沒於魯中萊蕪，兵團司令李仙洲被俘，陳誠被解除指揮權，由顧祝同成立陸軍總部徐州指揮所，統一指揮原徐州、鄭州兩綏署部隊；

1947年5月，因張靈甫74軍覆沒于孟良崮，陸軍副總司令兼第一兵團司令官湯恩伯中將加上將銜被撤職，由陸軍副總司令兼鄭州指揮所主任范漢杰中將接替其職務；

1947年8月，由於腐敗及軍事上的不利，東北行轅主任熊式輝、保安司令長官杜聿明被解職，由陳誠出任東北行轅主任，東北保安司令長官部予以撤銷；

1947年10月，因華北劉伯承、鄧小平、陳賡等部共軍二十萬人南下深入湖北、安徽地區，由國防部長白崇禧一級上將在武漢成立指揮所，接替程潛指揮；以黃泛區為分隔線，作為白崇禧與顧祝同各自管轄範圍；

1947年12月底，因第一兵團兵力被分散使用于中原、東北、蘇北、山東等地，第一兵團解散，范漢杰則調任熱河省主席；

1948年1月，因王鐵漢49軍、陳林達新5軍覆沒于遼西，陳誠被撤職，由陸軍副總司令衛立煌二級上將接替其職務（系共諜），東北行轅改組為東北剿總；

1948年1月，因北平行轅主任李宗仁執意參選中華民國副總統，因而北平行轅改組為華北剿總，由傅作義出任剿總總司令；原張垣、保定兩綏署撤銷，保定綏署主任孫連仲改任京滬衛戍司令長官；

1948年3月，因鐘松36軍、廖昂76軍、嚴明90軍先後覆沒，兵團司令劉戡自戕，胡宗南受到撤職留任處分；

1948年5月，蔣介石當選總統、李宗仁當選副總統；

國防部長白崇禧改任華中剿總總司令，何應欽一級上將接任國防部長；

參謀總長陳誠被撤職，由顧祝同接任；

陸軍總部徐州指揮所改組為徐州剿總，由劉峙任總司令；

衢州綏署主任余漢謀二級上將接任陸軍總司令；

湯恩伯接任衢州綏署主任；

武漢行轅撤銷，程潛改任湖南省主席兼長沙綏署主任；

1948年6月，劉峙認為自己難孚眾望，推薦杜聿明出任徐州剿總副總司令兼前進指揮所主任，負責實際指揮；

1948年6月，因衛立煌拒絕將東北國軍撤往錦州-山海關防線，蔣介石令范漢杰出任東北剿總副總司令兼錦州指揮所主任，希望以范漢杰取代衛立煌；

1948年10月，杜聿明改任東北剿總副總司令兼冀熱遼邊區司令官，蔣介石希望杜聿明能完全取代衛立煌；

徐州劉峙希望以宋希濂接替杜聿明，宋表示絕不與孫元良在同一戰場為伍，拒絕到任；

何應欽、顧祝同希望白崇禧統一指揮徐州、華中兩剿總，白崇禧10月30日下午應允，次日拒絕指揮；

1948年11月，杜聿明回任徐州；東北剿總四十萬國軍覆沒；

1948年11月，衢州綏署改組為京滬杭警備總司令部，湯恩伯出任總司令；

1949年1月，杜聿明被俘，徐州剿總五十萬國軍覆沒；

1949年1月，傅作義投降，華北剿總三十五萬國軍覆沒；

1949年1月，蔣介石引退，李宗仁代任總統。