三監委彈劾共黨案期間，隨著國共矛盾激化，親國民黨的毛澤東被中共所排斥，被迫稱病離開上海黨中央。

1924年9月，奉系軍閥張作霖、皖系軍閥段祺瑞、盧永祥聯合對直系軍閥曹錕、吳佩孚、齊燮元、孫傳芳發起進攻，意欲推翻北京曹錕政權；孫中山通電支持張作霖、段祺瑞，誓師韶關。

10月19日，直系軍閥馮玉祥叛變，率部佔領北京，將曹錕軟禁；10月25日，張作霖、段祺瑞、馮玉祥聯電孫中山，邀請其北上共商國是，以謀國家之統一。

11月10日，孫文發表《北上宣言》，13日離粵北上；12月4日孫文到達天津，不幸膽管腺癌病發，於1925年3月12日病逝。

孫文病逝前，張作霖堅持要求其放棄聯俄容共，否則不與孫文合作；段祺瑞則不允許國民黨以黨的名義參加國會；馮玉祥則是首鼠兩端。

孫文在北京之遭遇，迫使絕大多數國民黨人選擇左傾，支持聯俄容共，認定中國之統一已惟賴武力之北伐。

在孫中山病危期間，共產黨在上海召開四大，決議通過下一步工作重心為奪取革命的領導權。陳獨秀、張國燾、彭述之、蔡和森、瞿秋白5人當選政治局常委，陳獨秀仍為總書記。

中共四大之後，陳獨秀的老戰友、上海共產主義小組創始人之一的沈定一因不值中共之陰謀活動，終於憤而退出中共，並成為堅定的反共先鋒。

孫文去世後，國民黨進入短暫的三巨頭時期，即右派的胡漢民、左派的廖仲愷、汪精衛聯合執政，又以胡漢民代理大元帥職務並兼任廣東省長；然蘇俄特使鮑羅廷才是最大之權威。

1925年7月1日，在蘇俄的操縱下，廣州國民政府正式成立。

此時，國民革命軍共有六個軍，蘇俄軍事總顧問加侖將軍主張俄械平均分配于各軍，共同發展；鮑羅廷及周恩來則主張全力支持黃埔系，支持蔣介石領導的第1軍，理由是蔣介石同志最支持共產黨革命；加侖則認為蔣介石如果一枝獨大，會引發軍事力量的分裂，甚至有蛻變為新軍閥之虞；鮑羅廷、周恩來則認為應大力培養、發展蔣介石這樣的革命勢力。

與馬林一樣，鮑羅廷亦要求陳獨秀將中共中央由上海遷至廣州，陳氏不甘做鮑羅廷之傀儡，並顧慮國民黨中央在廣州，一山難容二虎，因此拒絕遷粵。

由於鮑羅廷幾乎直接參與並指示中共廣東省委的工作，這使得中共廣東省委逐漸有與上海的中共中央分庭抗禮之勢。

對於首任國民政府主席的人選，鮑羅廷屬意于廖仲愷，但廖氏謝絕；陳獨秀則希望最資深最有實力的胡漢民出任，但鮑羅廷認為胡漢民的政治屬性有相當反共嫌疑。

最終，汪精衛成為幸運兒，被鮑羅廷選中成為第一任國民政府主席；胡漢民則擔任外交部長之虛職。（因彼時國民政府並非國際社會承認之合法中國政府代表。）

黃埔軍校成立後，中共在該校成立「青年軍人聯合會」，活動猖獗；該校思想較為反共的師生甘乃光、曾擴情、賀衷寒等乃向國民政府申請成立「孫文主義學會」，汪精衛、廖仲愷因顧慮若不同意，則有背叛國民黨之嫌疑，「孫文主義學會」正式成立後，兩會之對抗成為國共破裂、反目為仇之先聲。

在軍事方面，成立國民政府軍事委員會，加侖有意推舉粵軍總司令許崇智擔任軍委會主席，鮑羅廷則支持最革命的蔣介石；最終，汪精衛再度成為幸運兒，以國民政府主席兼任軍委會主席。