1921年9月，陳獨秀與共產國際代表馬林終於在上海晤面。陳獨秀表示中共開展活動擴大組織，最大困難系經費問題，目前每月短缺1000餘元；馬林則正式要求中共加入共產國際，成為蘇俄的下屬，接受莫斯科領導，則蘇俄可向中共提供足夠的金錢。

自1840年鴉片戰爭後，中國飽受東西方列強蹂躪，故當時中國人民對於洋買辦、帝國主義奴才等普遍嗤之以鼻，對此，陳獨秀自是心知肚明，陳向馬林答復：願意接受莫斯科之指導、幫助，但成為莫斯科的下屬難以接受。雙方爭執良久，最終不歡而散。

不久，莫斯科要求中共派代表赴日本參加遠東共產國際大會，馬林未與中共協商，即派張太雷作為中共代表參會。此舉令陳獨秀大忿，意欲與莫斯科公開破局。

然而，隨即便發生了至今仍是懸案的「陳獨秀被捕之謎」。1921年10月4日，陳獨秀在上海法租界被捕入獄；隨後，馬林派法國人巴赫前往探監，表示若陳獨秀願意改弦更張，為莫斯科服務，共產國際則可設法營救其出獄。10月26日，陳被保釋出獄，據稱莫斯科方面為此花費了白銀500兩。

出獄次日，陳獨秀向中共中央表態稱中共應考慮接受蘇俄的領導。

1921年11月12日，因美國、中國在巴黎和會均未簽署《凡爾賽條約》，因而美、英、日、法、意、中等國召開華盛頓會議以善後。華盛頓會議關於涉及中國的系列問題，最終在美英的斡旋下，經過艱苦談判，中日兩國於1922年2月4日在華盛頓簽訂《中日解決山東懸案條約》：日本同意從山東撤軍，將青島歸還中國，但膠濟鐵路中國必須支付日本5341萬金馬克作為贖金。

但北洋政府提出的中國關稅自主、取消在中國的領事裁判權、撤退外國軍警、撤銷在中國的外國電台、郵局、廢止各國在華租借地、取消勢力範圍等要求，與會列強只同意關閉在華外國郵局，其它中方要求均被拒絕。

1921年12月23日，馬林赴桂林與準備興師北伐的孫中山會談，了解國民黨情況，探討國共兩黨合作之可能性。

1922年7月，中共二大正式通過了中國共產黨申請加入共產國際，並接受莫斯科的領導的決議案。至此，中共開始了長達三十年接受史達林統治，直到1953年史達林斃命，中國共產黨方獲得完全之獨立、自主。

中共決定接受俄國領導後，武漢代表李漢俊宣佈脫離中共。

在中共二大前夕，1922年6月，陳炯明與孫中山因北伐問題而分道揚鑣，以武力火拼。陳獨秀宣佈支持孫文，廣州代表陳公博則堅決支持陳炯明，並因此與中共公開決裂；

中共二大的重要議案：馬林要求中共黨員全體以個人身份加入中國國民黨。

討論此問題之與會中共代表：陳獨秀、李大釗、張國燾、蔡和森、張太雷、高尚德。

全體代表對於加入國民黨一致表示反對，馬林則表示這是共產國際最終的決定，不可更改。最終，在李大釗調和下，達成了部分中共領導加入國民黨而非全體加入的妥協方案。而上海代表李達則堅決反對中共黨員加入國民黨，終於宣佈退出中共。

1922年8月13日，陳獨秀、李大釗及馬林在上海與孫中山會晤；隨後，陳獨秀、李大釗、張國燾、蔡和森、張太雷五人由張繼介紹，孫文親自主盟，正式宣誓加入中國國民黨。（注：張國燾比其餘4人晚一個月，彼時孫文已離滬，由張繼主盟；而張繼日後成為反共尖兵。）