巧克力囊腫是子宮內膜異位的一種變化。本來應該存在子宮內的內膜跑到卵巢內去生長，但月經來臨、內膜的崩落，長在卵巢內的組織，卻無法像正常月經排出體外，經血堆積在卵巢內，使囊腫內呈現像巧克力般的液體，故稱為巧克力囊腫。主要症狀包括：月經初期會有明顯經痛、經血量明顯變多、月經週期不規則等，也有許多患者沒有明顯症狀。

原因包括異常的免疫功能：一般女性的經血多少都會逆流到卵巢內，但免疫系統會辨識為非此器官的組織。當免疫系統無法辨識卵巢內的子宮內膜組織，而使這些組織在卵巢內生長，就會造成巧克力囊腫。巧克力囊腫在年輕女性中是常見的婦科疾病。根據臨床觀察，未曾懷孕的女性罹患巧克力囊腫的機率較高。

可以超音波檢查卵巢判斷大小。4公分以下，多以吃藥方式治療，例如黃體素等。4公分以上且劇烈疼痛者才建議手術。有僅切除病灶，保留卵巢功能，適合將來仍有生育計劃的女性，不過巧克力囊腫的復發率高，基本上無法根治，且手術有損傷卵巢的風險。或直接將患側卵巢子宮切除，能將復發率降到極低，適合無生育需求或已經停經的女性。