竹南驛設站於1902年8月，車站最早為木造站房，位於「三角店庄」，不過當時並沒有依此命名，反而以附近較早開發的「中港街」命名為中港驛，中港街相當於目前竹南鎮慈裕宮周邊附近。

之後三角店庄繁榮漸超過中港街，在1920年10月車站改稱為竹南驛。1935年4月，第一代售票站房在關刀山地震中受損，11月改建為第二代鋼筋水泥站房。1995年5月因配合山線雙軌工程施工，舊站房拆除，1997年1月啟用第三代新站房。

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2009年8月跨站式站房啟用，保留原有第三代（中山路）售票站房並重新拉皮整修門面，新增東側（維新街）出入口，並以跨站式來串連。

中山路出入口外是原有的站前廣場，有進出車道及客運候車亭，車站建築門面以銀色系的現代感，與傳統的車站印象有點不同。這裡因原為舊售票站房，進入後就是車站大廳的格局，原本經過剪票口就能來到岸式的第一月台，現在一進站則是LED列車看板及兩道電扶梯，要購票、搭車得到二樓的售票站房。

竹南驛因屬於山海線交會(分歧)處，共有三座島式月台以及眾多軌道，因此整個售票房顯得很狹長，像是一條長長的商店街，中段才是售票口及剪票口。

來到維新街出入口，外頭也是一處小廣場，出入口建築雖然沒有寬廣的大廳，門面也相當高挑。這裡距離隔壁的頭份市約只有1、2公里，所以從頭份來搭車的旅客不需要再繞地下道至中山路搭車，對旅客更加方便。

竹南驛設有三座島式月台，因為動線較為複雜，過剪票口地板上就劃設有動線標示線，提醒下月台的動線。來到候車月台，從車站指示牌就能發現，北邊有崎頂驛，南邊連接海線是談文驛，山線則是造橋驛，剛好這三座招呼站都由竹南驛來管理，以竹南驛為中心構成鐵三角，只要花費少許車資就能體驗不同的車站風情，推薦大家有機會可以來走走。

早年在竹南驛設有北、南號誌樓，用以控制軌道的轉轍器，以使列車正確運行在應行的軌道上。後來兩座號誌樓都已經拆除，不過其中的南號誌樓被平行移轉至車埕驛內，算是異地保留鐵路資產的好方式。

※※延伸閱讀※※

關刀山地震紀念碑@舊泰安車站

竹南驛南號誌樓@最後火車站～256車埕驛