內壢驛設站於1902年6月，最早稱為崁仔腳驛，但車站站址位於目前車站北邊，之後遷站至現址崁仔頭。1920年改名為崁子腳驛，1958年更名為內壢驛。

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目前售票站房興建於1980年代，當時因為台1線拓寬將站址由南側忠孝路口附近北遷約50公尺。由於內壢地區的快速發展，車站已經緊連省道台1線大馬路，根本沒上下客空間，如果不注意還不知道這裡有座車站。

因為車站周邊都是發展成熟的商圈，根本沒有擴建的空間，因此於2009年10月在後站方向增建莊敬廣場，並以人行天橋連接。莊敬廣場類似一座機車停車場，將其上方加蓋興建成活動廣場的樣貌，未來直接在莊敬路增設出入口，讓後站的旅客可以更便利搭車。

內壢驛目前為三等站，共設有三座月台，主要使用第二月台，第三月台興建時，台鐵原計畫將車站改建為跨站式場站，後因桃園鐵路規劃高架化而暫停建置。未來在桃園鐵路由高架改為地下化後，整座車站將原址轉為地下化車站，屆時整個車站景觀將有大變化。