南港驛最早從1891年開始運作，當時並無設站，只設有小型月台供旅客上下車，1893年才設有南港火車碼頭。

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1899年7月「南港乘降場」正式設立，也屬於臨時站性質，直到1905年才建有木造售票站房，站房位置在現今東南街（原名本街）底。當時南港以採煤礦為業，從大坑(舊莊)、四分仔(研究院路二、三段) 和內湖的煤礦都在此轉運。

東南街也因為礦業興盛，一度成為南港第一鬧街，現在東南街上的「新建發旅社」，當時就是站前鬧街的最佳印證。

1986年因售票站房不敷使用，將車站西移是目前現址（南港路一段，南港區行政中心對面）。隔年7月因接收華山貨運站業務，設立南港貨運站，並升等為一等站，這是南港驛最輝煌的時期。2001年6月又因配合台鐵「南港專案」，撤銷貨運業務，並自2002年7月起降為二等站。

2008年9月地下化車站正式啟用，這也是台北市內最後一個地下化的車站。車站設有3座島式月台，及一座岸式工務用月台，不過目前僅有第1、2月台使用中。整個南港驛的腹地很廣，北側出入口臨南港路一段（南興公園），南端出入口臨市民大道八段，可透過台北捷運連通道從忠孝東路七段進出。

目前南港驛最大的焦點在於「三鐵共構」，台北捷運、台鐵都在此設站，目前就差台灣高鐵「南港站」正式啟用了。

配合南港驛更新，同步辦理OT及BOT開發案，包含南港車站大樓(1-3樓)、糧倉商業大樓的OT開發，以及車站大樓(4樓以上)及停車場BOT開發，目前商場部份已經開始營業了。

所以來到南港驛就像來到台北驛一樣，有各式百貨、美食、小吃商場可以逛街，不光只有交通轉運功能了。