中華民國海軍陸戰隊在民國40年(1951)間，徵選部分官、士、兵於高雄左營接受水中爆破訓練，當時由早期曾受美軍水中爆破訓練的國軍人員擔任教官，並由駐台美軍顧問團人員擔任技術指導與訓練協調。

在長達半年的訓期中，授課內容以仿美國海軍水中爆破隊(UDT, Underwater Demolition Team)的初級和專精訓練為主，此時期培訓出三期學員，直到民國44年(1955)，才由陸戰隊正式自行辦班召訓首期學員，迄今已訓滿123期。

兩棲偵搜大隊訓練發展過程，可區分為5個階段，民國39至44年(1950至1955)為司令部偵察隊、陸戰旅偵查分隊階段，主要任務為遂行地面情資蒐集並兼負兩棲偵察任務，並為爾後偵搜部隊發展的主體。

第二階段為兩棲偵察連，民國44年(1955)陸戰隊第2旅奉命擴編為陸戰第1師，原陸戰第2旅偵察分隊改編為兩棲偵察連，並改隸於陸戰第1師師部營，其後在民國55年(1966)海軍陸戰隊第2師奉命編成。

民國58年至85年(1969至1996)的兩棲偵察搜索營階段，民國58年(1969)5月1日偵搜部隊第2度改編，將原各部兵團團部連的搜索排與師部營的兩棲偵察連，併為陸戰師直屬的兩棲偵查搜索營；另於民國68年(1979)2月1日搜索第2連奉命編實，全營兵力達323員。

民國85年至86年(1996至1997)間，為隊屬兩棲偵搜迎擊師屬偵搜連階段，當年為因應國軍10年兵力精簡政策，第一階段目標實施「堅實演習」，偵搜部隊奉命於85年(1996)10月1日改編為隊屬兩棲偵搜營及師屬兩棲偵搜連。

民國86年(1997)迄今，為隊屬兩棲偵搜大隊合併海軍爆破大隊階段，民國86年(1997)10月1日因「精實案」將兩棲偵搜營「105旅、陸戰66師偵搜連、政戰連」合併成立兩棲偵搜大隊直屬隊司令部，陸戰99師保留師偵搜連；民國94年(2005)1月1日因「精進案」實施，將原屬海軍水中爆破大隊合併，爆破大隊精簡為兩棲偵搜大隊水中爆破中隊。