公辦實驗學校的特教資源基本上比照公校，並未享有特別多的資源。記者採訪幾間公辦實驗學校，校長多提及校內占比高的特殊需求學生，有些是未送鑑定的隱性特殊需求孩子，然而特殊教育的資源分配，如特教老師設置，主要是以經鑑定的特殊需求學生，作為主管機關的判斷、計算標準。另外，當學校有高比例的特殊需求學生，不同特質的孩子在相處上也容易產生衝突磁力共振 價錢。

而家長若想為特殊需求孩子，選擇自學團或是實驗教育機構，則需考量非學體系許多未有特教人力規劃，在特教鑑定或相關服務，如個別化教育計畫（IEP）的撰寫上，就可能出現困難。為不同型態的學校與非學型態的機構、團體等提供特教輔導工作支持的陶璽工作室創辦人曲智鑛觀察表示，非學型態的特教輔導資源比公校少許多，有機構完全沒有輔導資源，孩子進去不適應或因此干擾到班級，老師也沒辦法處理：「家長對實驗教育的期待可能是辦學單位的專業課程，但挑戰是，（非學型態辦學單位）沒有特教輔導資源，許多機構團體仰賴第一線老師做輔導工作，老師的負擔相當大卵巢多囊症。」

當特殊需求的孩子轉換學習環境到體制外，家長也需思考孩子特教資源延續的可能。 若確認有特殊需求的學生，依《特殊教育法》規定，非學型態學生一樣能有評量、教學、行政支援等服務，國中小學生能與掛籍學校、單位連繫。

現為政大實驗教育推動中心專任助理陳嫺霓，也是縣市非學實驗教育的審議委員，長期關注實驗教育裡特殊需求學生的需要。她並不建議中重度特殊需求學生往自學團體或實驗教育機構走，因為許多非學型態單位的特教輔導等機制並未健全。

陳嫺霓也建議，有鑑定身分的特教生若申請實驗教育，能保持與學校輔導、特教、升學等相關學習資源的連結，因為目前教育財政結構上的教育人力、資源分配仍多在學校BB過敏。