吳茂昆於晚間以「貢獻所長 不應被刻意栽贓抹黑」為題，發布千字聲明，全文如下：

長期在科學界的訓練，我對任何問題都「實事求是」。而最近外界對我一些經歷所提出的一些「似是而非」，甚至「違背常理」、毫無事實根據的問題，本人在此說明如下，也希望外界不要再以訛傳訛：

1. 我在美國工作期間，約在1981年拿到居留權，但於2002年我接任國科會副主任委員後，已經主動放棄居留權。從此之亦未申請過美國籍。維基百科之前誤植本人有美國籍，因為我從未使用該網站，經由友人及媒體詢問，本人已於2018年4月18日請秘書進行修正。

2. 公務人員依法行政是最基本做事的道理。我自擔任中研院究員、中研院物理所長、國科會副主委及後來接任東華大學校等職務，出差行程都依規定請假。

3. 我於民國 101 年到 104 年擔任東華大學校長，四年間不論國內、外的因公出差請假都依教育部規定上網登錄，此部分在之前監察院的調查中亦已說明清楚。

4. 而所謂溢領學術研究費 -- 此事已經監察院調查是因學校作業程序上的疏忽，非我個人行為，且相關費用我已繳回；指控和建商炒地皮 -- 但該地點選擇及建商之徵，都是在前一任校長內完成的。至於說我控制校內人事權，但大學教師之升等是經過系、院評會通後再由教育部聘任。對於我在東華大學校長任內的這些指控都經過相關主管機正式的調查過，希望外界不要再繼續舊事重提。

5. 至於與中國家科學研究院（中國科院）的學術交流，單純就是基於臺灣中研院物理所和中國國科間的學術行為及提供我本人在專業上的諮詢。我從未接受中國科院的任何職務。

6. 對於有人指稱我擔任具中國軍方研究單位之「西部超導材料科技有限公司」（WST）顧問，我第一時間已經清楚說明「絕無此事」。 我再次強調，該公司從2002年成立至今，我從頭到尾沒有接受過這間公司的任何職務邀請。

7. 至於中國「西部超導材料科技有限公司」（WST）在2010年3月公開募資說明書中，將我列為技術顧問一職，經我了解，WST曾經和在台灣於2000年成立的「超導國際科技股份有限公司」（AST），彼此於2003年交叉持股。

在2000年時，我是有過幾次提供台灣超導國際非正式的諮詢，但孰料，當兩家公司交叉持股後，中國的西部超導卻是直接將台灣超導國際公司所諮詢過的學術界專業人員都列為其名下成員。經我洽詢時任台灣超導國際公司總經理的陳輝堂先生，才了解即使台灣超導國際公司已經於2012年結束業務，但中國西部超導公司一直沿用台灣超導國際公司之文件迄今。陳輝堂先生向我說明後對我造成的困擾表示抱歉。

8. 身為教育工作者，得天下英才而之是我的理想。也極其願意提供任何我在學術領域之專業諮詢，因為我在科學領域的成就並非是個人的財產。 這也是我願意接任教育部長的初衷。我們一起努力！