九十五年十月，陳長文以非黨員身分，接受當時國民黨黨主席馬英九的邀請擔任黨產處理監督委員會的委員，並被委員們共推為召集人。在第一次會議時，馬英九即宣示黨產處理原則為：依法處理、完整交代、交付信託、退出經營。當時，馬英九強調，「如有不當黨產，立刻回贈；有爭議黨產，透過司法解決；合法取得黨產，依據憲法保障，本黨得自由處分。」

陳長文表示，從「交付信託」及「合法財產…得自由處分」等主張，顯示國民黨仍認為可以繼續擁有處分後黨產及其孳息。雖然馬英九已主張，處分後的黨產，會撥出一定比例捐作公益，比起以前的國民黨，這已是難得的進步，但對全國的人民來說，是不夠的。

因此，陳長文在黨產處理監督委員會一開始時，就提出「黨產歸零」的建議；他也指出，民進黨公元兩千年時並無黨產，陳水扁卻仍能選上總統，這應可給國民黨啟示，國民黨應該果斷的拋棄黨產包袱，以政見和優秀的人才去爭取人民的支持和尊敬。

國民黨認為只要合法取得的財產就可繼續保有，陳長文認為法律上固然如此，但講情說理，卻很難說服人民。雖然國民黨曾從大陸帶來了約計拾億美金價值的黃金，並且以合法方式經營事業取得更多資產，但那畢竟是黨國不分的時代，而國民黨帶來的錢還是國家的錢，國家的錢回到國庫或社會應該是當然的結論。

如何歸零？陳長文認為，除了黨工的退休、資遣等必要費用以及其他債務外，黨產（包括追回不肖黨工背信處分的財產）應悉數捐給國家或移做公益。否則，以國民黨黨員當選總統的馬英九如何面對人民？如何處理眾多政府在法院中進行的黨產案件？陳長文認為，具國民黨員身分也是全民總統的馬英九要協調國民黨，貫徹「黨產歸零」，這是國民黨邁開改革的關鍵大步。

陳長文指出，國民黨必須體認這次選得好，不完全是因為國民黨好，絕大部分是因為陳水扁和民進黨政府表現不堪，他提醒國民黨，既已選勝就沒有理由不丟掉黨產這個包袱，進行徹底的改革，否則，下一次選舉，黨產仍將會是國民黨揮之不去的「歷史幽靈」。