據統計，1700年左右，全德國就有30位姓巴哈的音樂家，可見巴哈家族的音樂天賦。巴哈的父親是一位樂師，有時在教堂彈風琴，有時在婚禮上奏樂。年幼時就由父親教他小提琴。1695年，可是巴哈10歲時，雙親不幸先後去世。1700年轉往呂內堡進入聖邁可教堂附設的特別學校就讀，1702年離開。他早期的音樂教育和作曲技巧，除了來自父親和兄長的教導外，很有可能是來自聖邁可的圖書館自習而來。

哥哥蒐集不少當時著名的樂譜，巴哈曾偷偷抄寫，當作自己的學習。不久嫂嫂生了小寶寶，生活更艱苦了，15歲時，巴哈就離開哥哥家。由於巴哈在學校成績優異，老師就把他推薦給龍尼堡教會附設的聖米夏爾高級學校當公費生。遷居龍尼堡後，巴哈邊學習，邊加入合唱團，即使變聲後，還留在教會拉小提琴。非常勤奮的巴哈，利用教會的樂譜不斷做研究，為了欣賞風琴大師蘭肯的演奏，徒步走50公里到漢堡。也前往哲列聆聽當地宮廷所演奏的法國音樂，都深受感動。

1703年巴哈成為威瑪宮廷樂團的小提琴手。但這種工作不是他所盼望的，巴哈很想成為教堂風琴師。很幸運地，巴哈的願望很快就實現了。在威瑪樂團工作3個月後，巴哈被聘為安斯達特城的教堂風琴師。這個教堂的管風琴是新的，性能很優異，薪資也很高。1707年時，只好改任穆爾豪森的教堂風琴師，而且在這裡和大１歲的遠房堂姊瑪麗亞．芭芭拉結婚。

1708年，五年前工作過的威瑪宮廷，聘他擔任禮拜堂風琴師。這時的地位比以前的小提琴手高很多。威瑪的領主很喜歡音樂，非常欣賞巴哈的音樂才能。巴哈的聲名遠播後，各地時常邀他去演奏。不久，巴哈又升任宮廷樂長。巴哈即使已經很了不起，但從不間斷音樂的學習。這時在這宮廷內，時常演奏韋瓦第等義大利作家的協奏曲。這些充滿魅力的音樂，也牢牢吸引巴哈的心。在威瑪宮廷的時代，巴哈也寫下許多風琴曲。

1717年被聘為柯登宮廷的樂長演奏家，巴哈為這個樂團寫下很多器樂曲。巴哈時常配合自己的工作，譜寫各類樂曲。在威瑪時代，由於擔任禮拜堂風琴師，就為教會寫很多風琴曲，到柯登擔任宮廷樂長後，為使領主快樂，寫出很多世俗音樂，其中還包含「C小調幻想與賦格」、「D小調觸技曲與賦格」等如今為人所熟悉的曲子。在這一段時間，他接觸韋瓦第等新義大利音樂，學到了他們的形式和優美的曲調。

1719年，聽說在英國活躍的韓德爾歸國，於是專程往訪韓德爾的故鄉哈勒。不料，抵達時韓德爾剛剛離開，踏上他的另一旅程。

1723年巴哈受聘於科騰公爵，擔任宮廷管絃樂團指揮。在此巴哈寫下他大多數的奏鳴曲、協奏曲及四套絃樂組曲（其中第三套包含著名的「G弦之歌」）和「布蘭登堡協奏曲」。此外如「半音階幻想曲及賦格」、「十二平均律鋼琴曲第一集」亦在此時期完成。

1720年對巴哈來說是個不幸之年，為他生育7個子女的愛妻瑪麗亞.芭芭拉，在巴哈和領主出外旅行時，卻因急病去世。1721年，好不容易從悲傷中恢復的巴哈，於次年和女高音歌手安娜．瑪格達蕾娜結婚，新娘比他小16歲。瑪格達蕾娜非常了解巴哈的工作，認真地給予協助，幫他謄清樂譜。巴哈為妻子寫了「鍵盤樂器小曲集」，也為孩子們的教育譜曲。後來瑪格達蕾娜為巴哈生了13個子女。

1723年巴哈就任萊比錫聖湯瑪斯教堂合唱長。這個合唱長的工作，除了必須不斷為萊比錫各個教會寫作教會音樂、指導禮拜時的演唱外，還要兼任會附設學校的音樂教師，工作非常忙碌。起初的這幾年，巴哈每週都為教會寫作新曲。所以巴哈在這個職務上做了兩百多首清唱劇，也產生了「馬太受難曲」」、「十二平均律鋼琴曲第二集」和「聖誕神劇」等傑作。此外，巴哈還擔任大學生樂團的指揮。

從年輕時代開始馬不停蹄的學習、作曲和演奏的巴哈，年紀越大眼力就越差，到去世的前年（1749年），雙眼幾乎已失明。經過兩次手術失敗後，1750年7月，在親人看護下，靜靜地結束他65歲的生涯。