曾經在八八風災期間抨擊劉兆玄內閣救災表現，最後導致劉內閣總辭的台大教授林火旺，在辭去國策顧問之後，沒有獲得再度聘任。民進黨立委抨擊，馬總統不能接受批判的聲音，讓總統府已經變成一言堂。國民黨立委邱毅也說，林火旺對馬總統是「愛之深、責之切」，馬總統應該要「親賢臣、遠小人」多聽不同的意見。

    馬總統核定新任的總統府資政以及國策顧問，不過曾經在八八風災期間嚴厲抨擊劉兆玄內閣救災表現，引發喧然大波的台大教授林火旺，辭去國策顧問之後，沒有獲得再度聘任。民進黨立委蔡煌瑯批評，這再度證明馬總統沒有反省能力，不能接受批判的聲音，讓總統府已經變成一言堂。

    不過國民黨立委邱毅則舉出師表的例子，建議馬總統應該多接觸這些能提出不同意見的諍友。邱毅說，林火旺不會在乎無給職的國策顧問，不過他和評論家南方朔都是對馬總統愛之深責之切，雖然發言比較衝，但大方向都是善意的。