慶長十年 (1605 年)，德川家康將「征夷大將軍」的位置傳給三子秀忠，自稱「大御所」，移居駿府。大坂之役，秀忠與家康一同出戰，消滅豐臣家。一般認為秀忠的政治能力遠勝其軍事才能。

家康過世，秀忠全面接掌大權。他將五女德川和子嫁給後水尾天皇，與朝廷維持良好關係。對外貿易方面，僅開放平戶、長崎兩地。

元和九年 (1623 年)，秀忠把將軍之位讓給長子家光，效法父親做「大御所」，退居幕後，手握實權，在江戶城實行二元統治。次子忠長有亂行，秀忠命他隱居。寬永九年 (1632 年) 秀忠病逝，享年五十三歲。

德川家光乃秀忠次子，母親為阿江，慶長九年 (1604 年) 生於江戶城。兄長早夭令家光自幼享有世子待遇、受世子教育。家光有一乳母春日局，乃明智光秀家臣齋藤利三女兒阿福。

家光甫出生，即被帶離父母交乳母撫養，故秀忠與阿江皆對兒子十分疏遠。加上家光體質虛弱、不善說話、外貌平庸，兩人更不喜歡他。自忠長出生，二人把所有寵愛投放其中，許多大名也討好忠長。春日局見狀，特別跑到駿府向家康申訴，在祖父出面下 (對秀忠夫婦說要分長幼)，家光得保三代將軍的繼承權。

元和九年 (1623 年)，家光與父親秀忠一起上洛，在伏見城接受將軍宣下，任從二位內大臣。他不久娶關白鷹司信房的女兒鷹司孝子為妻。寬永三年 (1626 年)，家光和秀忠領伊達政宗等多位大名上洛，在二條城內拜見後水尾天皇和中宮和子，秀忠被任命為太政大臣，家光晉升為從一位左大臣。

弟弟忠長有亂行，秀忠求家光饒過兄長，家光未有採納。秀忠死後，家光馬上命忠長切腹自殺。

寬永十二年 (1635 年)，修訂武家諸法度，要求大名必須參覲交代。寬永十四年 (1637 年)，爆發島原之亂，令家光加強壓制天主教。家光又在任內完成閉關鎖國政策，自此日本無法接觸西方先進文化事物，暮氣沉沉。

「慶安御觸書」的頒佈，規定農民不准抽菸、喝茶，衣服要用木棉製造，生活要儉樸，且要交年貢，江戶幕府的財政收入被保障，卻令農民失去不少自由。

慶安四年 (1651 年)，家光病逝，享年四十七歲。嫡男家綱繼任將軍，年僅十歲。

家綱智力有問題，體弱多病，時常臥床。偏偏此時日本社會動盪不安，由井正雪曾聚集浪人，計劃推翻幕府，事敗自殺，史稱「慶安之變」。幸賴保科正之、酒井忠勝、松平信綱、阿部忠秋等輔佐，幕府才逐漸由獨斷獨行轉向文治。奈何權力始終難逃旁落厄運，酒井忠清專制，幕府威信大不如前。

延寶八年 (1680 年)，家綱因病去世，無子嗣，在堀田正俊協助下，德川綱吉繼任第五代將軍。

正俊性格剛直，時常批評綱吉浪費，綱吉慢慢疏遠他。貞享元年 (1684 年)，正俊被刺殺，有謂綱吉是幕後黑手。

綱吉重用柳澤吉保，實施獨裁政治，生活奢侈。另一方面，他過於死讀書，竟親自舉辦《易經》授課，還讓無才無德的母親桂昌院介入政治。生類憐憫令連殺蚊都被判刑，尤其使得怨聲載道。

綱吉改鑄貨幣、允許大奧 (將軍後宮) 奢華，令幕府財政惡化。寶永四年 (1707 年) 富士山爆發，民間盛傳那是對綱吉暴行的天譴。

寶永六年 (1709 年)，綱吉在江戶城去世，綱吉兄長綱重的長子德川家宣繼任第六代將軍。