錢穆晚年把孔子、朱子並稱，提出「孔朱學脈」(台灣學者許炎初語)。此一洞見有相當根據。

孔子本乎對不安、不忍的真切體會，發明了「仁」的概念，作為其成德理論重心。朱子則浸淫在這不安、不忍中，發現並慨嘆宇宙永遠不完美、人世間做好人永遠艱難，繼而提出理氣二分、氣強理弱、理拋不轉氣、心性不一不二，以及涵養、省察、格物一大套工夫。儘管二人於觀念使用上不完全相同，孔、朱之間確實體現「東西南北海有聖人出，此心同，此理同」。這個意義上，謂朱接續著孔未嘗不可。

朱子把仁義禮智視為性，惻隱、是非、羞惡、辭讓看作情，性情分成兩層，乃獨見創獲 (源自他對理拗不轉氣的覺悟，以為性無法完全規範情，情相對於性，總是存有雜質)，跟孔子直接用仁指涉惻隱根本迥異。可是，孔子也說：「好仁不好學，其蔽也愚；好知不好學，其蔽也蕩；好信不好學，其蔽也賊；好直不好學，其蔽也絞；好勇不好學，其蔽也亂；好剛不好學，其蔽也狂」，提醒單有品德 (仁、智、信、直、勇、剛) 決不足夠，必須好學。他又表示「學而時習之，不亦悅乎？」持續躬行實踐，借助聖賢往昔言行檢點自身當下的，不斷作出修正，且為此感到悅樂，朱子的「省察」和「格物致知」不是與之相契嗎？

「我欲仁，斯仁至矣」或許有些微偏向孟子及心學，但孔子亦講過「仁者先難而後獲，可謂仁矣。」加上子路、冉有、公西華、宰我各懂專門知識 (子路擅治軍、冉有擅理財、公西華擅外交、宰我擅文學)，《六經》是孔子要求學生必讀的書，孟子「盡信書，則不如無書」、陸象山「堯舜以前曾讀何書來？」明顯不契至聖先師遺教。

牟宗三判定朱子在儒家哲學史上的地位是「別子為宗」，從其非繼承孟、荀、濂溪、橫渠、明道而自成一格看，朱子確是別子 (嫡子以外的兒子)。然而，覺得朱子無法承接孔子，僅發揮了伊川哲思，未免對他不公道，無法做到同情理解。

事實上，即使朱子提出一套屬於自己的哲學主張，其往往刻意將之收納、隱藏於前人觀念裡，不隨便表露，沉潛內斂，以免予人標新立異的印象，如以孟子「性善」通於自己提出的仁義禮智之性 (即義理之性)、荀子「性惡」通於自己提出的性與氣質之夾雜 (即氣質之性)、濂溪「乾道」橫渠「太虛」通於自己提出的「理」等。

錢穆說：「是則，即就朱子一人，可證中國學術史一特徵，貴能上同古人，不貴能自創新說矣。然所謂上同古人者，乃以己上同，非除古人外無己......今人治朱子學，每喜分別其與前人之相異處。實則朱子亦豈不知前人有相異......惟朱子為學精神重在會通和合，尋求古人之共同處，不在獨抒己見，表明其個人之特異處。今果專向此方面探索，則不免有失朱子為學精神之主要所在矣。」(＜略論朱子學之主要精神＞) 可謂深得朱子之心。

朱子以述為作，謙虛踏實，博學而無所成名，與孔子遙相呼應。錢穆悟透孔朱一脈相承，因而對新儒家正面評價孟子及心學不以為然。

他拒絕簽署《為中國文化敬告世界人士宣言》，否認自己屬新儒家，是有原因的 (錢穆認為，發表《宣言》像是對世人宣稱「『道』只在我輩」，只會令海外學人更分裂。他說：「國家已到這種地步，此時此刻，大家應該相忍為國，萬不宜再在學術上分黨分派。」對新儒家「以道自任」不敢苟同)。