開票結果，馬英九以七成二選票大勝王金平，原本外界擔心因得票過近而產生的分裂危機，可能性已經驟減。雖然贏得漂亮，取得黨內極高的正當性，然而黨內外需要面對的問題很多，馬英九的真正挑戰現在才開始。

雖然王馬言必稱「君子之爭」，但一直讓人感覺淪於口號，請客送禮、黑函耳語、人頭黨員、謠言簡訊、互相放話等，負面的選舉文化一樣也沒少。惡質選風不只傷害國民黨的名聲，也斲傷王馬感情，馬英九當選後最直接要面對的，是黨內因選舉紛擾所造成的裂痕。

黨務問題也是嚴峻挑戰，馬英九一上任，馬上要面對國民黨龐大的資金缺口，老黨工退休的百分之十八優惠利息六億，已由王金平辦過六個月展延，即將於八月多到期；再加上每月黨工的薪水兩億，檯面上看得到的立即債務就高達八億多元。

在黨外，泛藍問題也亟待解決，首當其衝的，就是年底縣市長選舉的提名問題。馬英九在競選時曾表示，「能協調就協調，不能協調就民調」，這顯然低估問題的複雜性。如果三周後的宋馬會不能成局，或無法取得共識，泛藍年底極可能大敗，馬的威望勢必受到衝擊。

此外，由於國民黨特殊的黨員結構，黨內的選舉語言扭曲了王馬原本的意識型態光譜，這也將侷限馬未來的延展性。例如馬高喊「台獨不是選項」，對國民黨員來說或有致命的吸引力，但這種限制台灣主體性、剝奪人民選擇權的言論，可能刺激中間選民，未來馬都得在全國場域接受選民檢驗。

誠如馬英九自己所說，黨主席「沒有榮華富貴可以享受，只有千斤重擔必須承受」，這句話相當精確地反應新國民黨主席的處境。前途仍充滿困難險巇，仍有頗高的不確定性等著馬英九。