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納豆也是日本和尚無意間發現的。用醬油蒸煮曬乾後的大豆，原本保存在倉庫的乾稻草上，竟發酵產生黏稠拉絲的納豆，更可口下飯。
韓國人則想到利用辣椒、蒜頭及鹽分保存各時節的蔬菜，成為現今的泡菜。
事實上，發酵最早是描述釀酒過程中氣泡產生的現象，是微生物利用釀酒原料中的醣類成分代謝產生了二氧化碳，並釋放到外界所造成。
但隨著科學知識及加工技術的演進，只要是因微生物（包括乳酸菌、酵母菌、納豆菌等各式菌種）或微生物所含酵素的生理活動而引起的化學變化，將大分子分解轉變成小分子的過程，例如澱粉分解成寡糖、雙醣、單醣，或是蛋白質分解成胜肽、胺基酸等，都可稱為「發酵」。
像大豆發酵產生異黃酮衍生物，就因為更有利吸收，而增強抗氧化、抗發炎、抗過敏等活性。
發酵與腐壞都是菌種作用的結果，差別就在於發酵過程中益菌獲勝。台北醫學大學保健營養學系教授謝榮鴻說明，發酵過程中的高鹽、酸性環境及發酵菌種的存在，有助於益菌生長及代謝，相對也是在抑制雜菌；益菌為了要生存，透過本身的酵素系統，將原料成分代謝轉換成其他可利用的營養物質，才會增加了原本不存在或少量存在的新營養物質，不純粹只是好吃、易吸收而已。
《手釀》作者無蝶夫人（柴小舟）提到，從日本人為什麼長壽的各種研究看來，梅子經過鹽發酵而成的檸檬酸（Citric Acid）及木脂素（Lignan），是戰後讓日本邁向長壽大國的功臣。鎌倉時代的武士們為了保健，每天早晚一定各吃一顆梅干。
而我們熟知的紅麴，代謝產生的莫那可林Ｋ（Monacolin K）便成了近來熱門的降膽固醇成分，蛋白質則可能轉化成抗菌胜肽，或抑制血管緊縮素轉換酵素（ACE）活性的胜肽，有助降低血壓，大同大學生物工程系教授顏聰榮進一步解釋。
以研究植物乳酸菌著名的東京農業大學應用生物科學系教授岡田早苗也曾發表，在許多東方發酵食品中，像豆腐乳、味噌、泡菜、酸筍、醬油等，都可以找到植物源乳酸菌的蹤跡。
這些植物源乳酸菌經體外試驗發現，能刺激免疫球蛋白A產生，有效分泌細胞激素，降低過敏原，甚至可吸附腸道中的致突變因子。
而誰又知道浸泡臭豆腐的滷水竟含有超過數百萬種菌種？喜歡吃的人只知道喜歡那臭味，但陽明大學生化所教授蔡英傑卻能從其中發現兩隻乳酸菌種，2009年最新發現的這一隻就命名為「CHAO DOU FUII（臭豆腐的台語發音）」。
或許我們該重新評估，並且重視這些老祖先的智慧所產生的傳統飲食。
