監察院第二次對國防部提糾正案，使林毅夫叛逃的追訴事件再度受到矚目。這是一個政治與法律糾纏不清的問題。
二○○二年，林毅夫父喪，欲來台奔喪。當時民進黨執政，行政院長游錫堃及法務部長陳定南與林毅夫是宜蘭同鄉，整個內閣自閣揆、法務部、陸委會至出入境管理局皆主張依「人道精神」核准林毅夫來台。立委蔡同榮在立院發動，更力主「廢除最後的政治黑名單」。然而，當年如此看待林毅夫的民進黨，最近卻主張開除登陸參加「兩岸論壇」的許榮淑、范振宗的黨籍，最後以停權三年落案；蔡同榮對許榮淑的態度，則是「阿公大義滅阿媽」。兩相對照，即可見這類事件在政治觀點上的矛盾與錯亂之一斑。
民進黨此次應當站在聲援林毅夫的立場，畢竟這是七年前的定論；但是，林毅夫的行為若亦可獲得民進黨的政治赦免與聲援，則民進黨的「賣台論」將何以立足？為何許榮淑及范振宗的罪行在民進黨眼中尚大過林毅夫？
因而，林毅夫事件不能再陷於政治議論；即使欲從政治觀點來探討本案，亦應從三十年來已被法制體系改變的政治時空來議論。三十年前，一九七九年，林毅夫叛逃當時為動員戡亂時期的戒嚴時代，金門是敵前第一線；但是，一九八七年宣布解嚴，一九九一年終止動員戡亂時期，今日金門已成「小三通」的門戶。這般憲政法制體系的巨變，其實使當年林毅夫所投之「敵人」，在憲法意義上已經消失；如今的問題是，新的法制並未對中共政權作任何敵我定義，卻將如何主張林毅夫的叛逃投敵為「繼續犯」？何況，近年來數以萬計的「白色恐怖」案件，包括匪諜案、叛亂案皆已平反，亦是因法制體系巨變後產生了新定義。那麼，為何唯獨林毅夫事件不然？
何況，國防部對林毅夫根本是「違法通緝」。一九七九年五月十六日，金門馬山連長林正誼（原名）失蹤之日，因連旗及戰情檔案亦失下落，當時即判定為叛逃；但為了粉飾事態，軍方卻有規劃地「吃案」，偽稱林已殉職，並發放四十七萬五千元撫恤金。一直到二○○二年，林欲來台奔喪，國防部乃據「他人告發」以投敵等罪對林發布通緝令，並揚言將連本帶利追繳當年發放的撫恤金，且稱林家「詐領」。由此可見，一九七九年的「吃案」是違法，是政治考量；二○○二年的通緝也是違法，亦是政治考量。而又竟謂要追回撫恤金，請問林家當年有什麼膽子不領那筆錢？而國防部有無陷林家於「詐領」的責任？
林案是兩岸關係丕變下的大弔詭。當整個憲政體制的敵我忠逆之判準已經改變，則林毅夫是否仍是「繼續犯」，難道沒有另作斟酌的餘地？否則，動員戡亂可「終止」，難道「叛逃」卻須「繼續」？再就追訴時效而言，倘若在根本上即是「違法通緝」，則豈有「追訴時效」可言？退一步說，即使通緝有效，但林毅夫的「繼續犯」，是否到解嚴或終止動員戡亂時期之日即是「行為終止日」？
兩岸關係丕變，敵我忠逆的判準亦生巨變。台灣人會晤林毅夫者，不分藍綠，絡繹於途；台灣的媒體，亦不時以重要篇幅報導林毅夫的專業評論。然而，林毅夫卻仍是「投敵叛國」的「繼續犯」與「通緝犯」，這是否敵我忠逆的錯亂？另如，力主將林毅夫從「黑名單」除名的民進黨，竟對登陸開會的「公媽」黨紀開鍘，卻對「主席姊夫登陸經商」，與不知其數的「綠營登陸經商黑數」顧左右而言他。這是否也是敵我忠逆的錯亂？
林毅夫案確實是政治上及法律上的疑難雜症，也是一個重大警訊。時移境遷，在新的兩岸時空背景下，必須在政治上及法律上建立一套敵我忠逆的新判準，以因應兩岸新的競合關係。在政治上，不能再用「賣台」、「不愛台灣」那些陳腔濫調；在法律上，亦必須建立一套「後動員戡亂時期」的新規制
