總統馬英九透過國安會，將台灣民主基金會人事大換血，將扁政時期任命的董監事幾乎全數撤換，由馬英九及國安會秘書長蘇起屬意的人選接任，卻未事先告知擔任基金會董事長的立法院長王金平，引發外界批評「不尊重王金平」。
根據知情人士透露，馬英九透過蘇起，將民主基金會人事大換血，除了王金平繼續擔任董事長、外交部長歐鴻鍊出任副董事長外，其餘董監事幾乎全部更換。
相關人士表示，基金會現任執行長林文程確定遭撤換，由前立委黃德福接任執行長一職；而副執行長則由世新大學副教授陳俊明出任，但這些改選名單都是由國安會擬妥，並交由馬英九批示後才告知王金平，王金平事先都不知情，引發不尊重王金平的爭議。
針對引發不尊重王金平的爭議，國安會昨晚不做任何回應。據悉，府方是因為民主基金會中的綠營董監事比藍營多，因而介入調整。