相傳最早的清水寺主祀清水祖師，因為乾隆年間的一場大水災，枋溪溪水帶來了一塊形似觀音大士的枯木，由信徒拾起奉祀，並取代祖師公為主神，名曰流水觀音。

光緒年間，福建巡撫王凱泰駐台期間曾著有《臺灣雜詠》數十首，其中一首即是歌詠清水寺流水觀音，全詩如下:

「鿈變早傳鼓山異，又聞流水送觀音；從今不必朝南海，到處慈悲是佛心。」

意思是說，福建鼓山有穴鿈觀音，台灣府城有流水觀音，觀音菩薩慈悲廣大，隨感而應，拜佛，不一定得遠赴南海普陀山。

光緒二年(1876)六月，台灣府彰化縣籍鹿港進士蔡德芳和貢生施家聲曾聯名敬立「流水前身」匾額，答謝佛祖媽的神恩庇佑，也為神話傳說留下歷史見證。