同日，國民革命軍第11軍軍長方本仁及參謀長賀守中，赴吉安勸降其舊部贛軍第2師師長蔣鎮臣，被蔣羈押；

9月17日，馮玉祥誓師五原，由于右任監盟，國民軍全體加入中國國民黨；馮玉祥就任國民軍聯軍總司令；將其殘部3萬餘眾編為四個軍：張之江第一軍、徐永昌第三軍、方振武第五軍、弓富魁第六軍；鹿鐘麟任總參謀長，石敬亭及共產黨員劉伯堅分任政治部正、副部長；

在江西，第六軍軍長程潛、第一軍第1師師長王柏齡獲悉南昌兵力空虛，遂貪功冒進，擅自改變作戰計畫，於9月19日襲占南昌；

孫傳芳得知南昌失守，急調盧香亭、鄭俊彥、鄧如琢各部反攻。孫軍攻城時，王柏齡正在妓寨中狎妓；25日晚，孫軍克復南昌，程潛大敗而逃，王柏齡化妝逃往上海；蔣介石聞訊，督令各部展開反攻，並親率劉峙第2師增援江西前線；第1師副師長王俊晉升師長；

9月27日，直魯聯軍褚玉璞、徐源泉等奉張作霖之命，以增援為名，將吳佩孚軍逐出保定、大名；

9月30日，孫傳芳三大主力之一的謝鴻勳第4師兩萬餘人在贛北箬溪被李宗仁第7軍全殲，謝鴻勳重傷陣亡；

10月3日，第7軍在德安大破盧香亭第三方面軍；第7軍亦傷亡兩千余人，胡宗鐸旅的團長陸受祺陣亡；

10月4日，孫傳芳將贛軍總司令鄧如琢革職，由鄭俊彥接任；同時升任第8混成旅旅長顏景崇為第六方面軍總司令；

10月5日，福建督軍周蔭人率所部兩師又兩旅三萬餘人兵分三路進攻廣東；蔣介石以何應欽為東路軍總指揮，率第1軍的三個師迎敵；閩軍李鳳翔第3師的兩位旅長曹萬順、杜起雲，暗中已將周蔭人的進攻部署全盤告知何應欽；

10月6日，蔣介石督率第1、第2、第3軍再次圍攻南昌；駐守南昌的為唐福山贛軍第1師、張鳳岐第9混成旅、岳思寅贛軍第1混成旅共約1萬人；

10月8日，馮玉祥至包頭與韓複榘、石友三等會面，韓、石均表示願繼續追隨馮玉祥；閻錫山見吳佩孚主力已被北伐軍擊潰，預料未來國民黨必將統一中國，因此並不與馮玉祥為難，反而贈送韓、石二師兩個月軍餉及冬裝。閻錫山此舉，亦令馮玉祥頗為感動。

此後，國民軍大舉南下進攻陝西劉鎮華，以解西安之圍；

10月8日，曹萬順、杜起雲陣前起義，所部改編為國民革命軍第17軍，何應欽兼任軍長，曹、杜分任師長；隨後，何應欽率第1軍譚曙卿第3師、馮軼裴14師、張貞獨立4師及第17軍反攻福建；

10月10日淩晨，武昌，豫軍第3師師長吳俊卿向北伐軍投誠，北伐軍蜂擁進入武昌，陳家謨、劉玉春被俘；陳銘樞被任命為武昌衛戍司令，第四軍駐防武昌，唐生智第八軍駐防漢口、漢陽；

10月16日，浙江省長夏超通電起義，受任為國民革命軍第18軍軍長；

同日，蔣介石親自指揮的第二次南昌攻城戰，因傷亡慘重，不得不鳴金收兵；隨後，蔣介石從湖北抽調第四軍的四個團由張發奎率領，及賀耀祖獨立第2師入贛增援；

10月20日，孫傳芳令駐守徐州的浙軍第1師師長陳儀接任浙江省長；並命駐守上海的宋梅村第15旅南下杭州，鎮壓夏超；

10月23日，宋梅村在杭州捕獲夏超，孫傳芳下令將其斬首示眾；

1926年10月，義大利王國首相墨索里尼宣佈國家法西斯黨為該國唯一合法政黨；

10月28日，國民黨聯席會議通過了邀請汪精衛回國主持黨政之決議；

11月1日，北伐軍兵分三路對江西展開總攻。

北路以李宗仁為總指揮，轄張發奎第四軍4個團、第七軍、賀耀祖獨立2師，進攻贛北的陳調元第五方面軍、顏景崇第六方面軍；

中路以程潛為總指揮，轄第6軍，進攻盧香亭第三方面軍；

南路以朱培德為總指揮，轄魯滌平第2軍、第3軍、賴世璜14軍，進攻南昌；

蔣介石率第1軍為預備隊；其中，以北路為主攻方向。

北路的激戰在德安、馬回嶺、王家鋪、塗家埠、九仙嶺、南詩等地先後展開，北伐軍在付出重大傷亡後，於11月4日將陳調元、顏景崇兩個方面軍徹底擊潰，一舉攻佔九江；第七軍的機關槍大隊長吳鐵英及李明瑞旅的呂演新團長陣亡；

李宗仁命令張發奎率部渡江追擊陳調元，張發奎認為己部傷亡重大，繼續追擊是李宗仁有意削弱他的實力，張氏竟然憤而返回了武漢。

至11月8日，白崇禧、朱培德、程潛等攻克南昌。至此，孫傳芳喪失了整個江西，也葬送了十萬主力，元氣大傷。