益生菌是存在於人體腸道中的微生物群體的總稱，並且包括大量微生物，例如細菌，真菌，古細菌和原生動物（或甚至病毒）。由於測序技術的改進，科學界在過去二十年中越來越關注腸道菌群。還有大量證據表明腸道菌群對人類健康有很大影響。這種效果不僅限於腸，還可能影響大腦和肝臟等器官。相反，人體也會影響腸道微生物。因此，將來我們可以通過調節腸道菌群來管理我們的身體狀況。

“微生物學趨勢”最近的一篇評論文章特別討論了從食物來源進入腸道的益生菌種群（主要是雙歧桿菌，乳酸桿菌和丙酸桿菌）如何影響腸道的原始微生物區系。從食物進入人體的這三種微生物群是食品發酵工業中常用的微生物，並且在數量上，在腸道中佔據很大比例。

作者分析了許多臨床數據並回顧了許多研究文章，他們認為食物中的菌群確實會影響腸道微生物群和宿主的健康。從食物進入腸道的許多益生菌確實進入小腸，它們仍然堅韌或在胃的強酸環境中具有生理活性，並且可以完成一些分子合成代謝。這些微生物佔據了正常腸道微生物群的一部分，並且在腸道微生物群的分析中被多次檢測到。

事實上，許多研究表明，這些通過食物進入人體的益生菌對原始微生物菌群的組成沒有太大影響，但對某些微生物種群有影響。例如，它導致短鏈脂肪酸菌群的產生增加，這導致產生蛋白質的細菌的數量減少，這是由這些微生物引起的碳水化合物代謝變化的一個例子。此外，這些食物來源的微生物也會影響嬰兒腸道菌群的形成。

作者認為，研究食物中影響碳水化合物代謝的益生菌是令人興奮的。例如，這些細菌可以促進短鏈脂肪酸和丁酸鹽的合成，同時減少蛋白質合成的量。有證據表明，大量的蛋白質合成和減少的丁酸合成量對人類健康是有害的。例如，它可引起腸系統的紊亂並導致2型糖尿病的發病率增加。

這證明這些益生菌將是“益生菌”。其他類型的益生菌代謝物，例如三甲胺，也被認為與已經涉及的心血管疾病的氨基酸代謝密切相關。

合理選擇研究的微生物類型和臨床研究以確認其功能可以讓我們開發新一代的食用益生菌，幫助我們解決身體問題。