根據立法院預算中心「九十四年度中央政府總決算審核報告整體評估報告」中在有關總統府「國務機要費」的部份，指出總統府違反相關審計法規事項。其中有三條如下：

一、「國務機要費」審議過程，全部記載於立法院公報，應為公開預算：中央政府總預算案除有關外交、國防機密之預算部分，以秘密會議行之，其餘均按中央政府總預算案審查程序辦理，94年度「國務機要」之用途，係國家元首政經建設訪視、軍事訪視、犒賞及獎助、賓客接待及禮品致贈等經費，本院審議時，審議之過程，全部載於立法院公報，該科目經總統公布為法定預算，應為可公開預算。

二、未提供原始憑證供審計部查核，違反審計法第14條規定：國務機要費用途，政經建設訪視、軍事訪視、犒賞及獎助、賓客接待及禮品致贈等，依其用途觀之，尚難認有涉及國家安全或利益而有保密之必要。因此審計部審核報告指出：「…其中支出平憑證以機密未便公開為由，未供查核2,407萬餘元支出憑證以機密未便公開為由，未供查核。…」，顯然違反審計法第14條規定：「審計人員為行使職權，向各機關查閱簿籍、憑證或其他文件，或檢查現金、財物時，各該主管人員不得隱匿或拒絕」，總統府作法顯然違法。

三、原始憑證，應送審計機關審核，杜絕不法：審計部審核報告指出：「國務機要科目支用原始憑證，因總統府以性質特殊等因，於民國86年依據審計法第44條規定，徵得本部同意，留存該府備查。」，然總統府國務機要經費之使用，涉及是否有買SOGO禮券，或有挪用君悅飯店發票沖帳，及該經費經審計部審查結果，核與審計法有關規定未盡相符，經依決算法規定，如數修正其決算，轉列為應付數，再另續予查明處理等情事，因此，國務機要經費之原始憑證，應依審計法第36條規定，各機關或各種基金，應照會計法及會計制度之規定，編製會計報告，連同原始憑證，依限送該管審計機關審核。

總結立法院預算中心的報告來看，可得到下列簡單的結論：國務機要費為公開預算，不得以機密預算為由，拒絕提供支出的原始憑證。這部份相信熟悉審計法規的審計部官員，不會不清楚的。然在今年6月28日審計部官員前往總統府查帳時，總統府除未提供全部原始憑證外，還拒絕審計部官員影印單據。再者，之前（6月23日、6月26日）審計部官員前往總統府要查帳時，總統府竟以「整理資料」為名，拖延審計部官員查帳。從這兩件事看來，總統府不配合的態度不言可喻。在此不禁要問難道對於總統府不配合的態度，審計部官員只能無奈接受嗎？讓審計部發言人王永興感嘆「查帳受辱」嗎？對此，本席無法同意。

首先審計部官員6月23日及26日前往總統府查帳，竟被府方以「整理資料」為名所拒。其二在6月28日審計部官員前往總統府查帳，府方並未提供所有原始支出憑證，反而以「機密」為由，拿出三個信封袋（說看了會死人），並不準審計部官員影印單據，讓前往查帳官員「飽受委屈」。對於總統府這樣不配合的態度，審計部是能有作為的。首先針對審計部官員6月23日及26日前往總統府查帳被拒一事，審計部官員可依審計法第14條規定：「審計人員為行使職權，向各機關查閱簿籍、憑證或其他文件，或檢查現金、財物時，各該主管人員不得隱匿或拒絕……」，要求進總統府進行查帳，若總統府拒絕，則審計部官員可根據審計法第15條規定：「審計機關為行使職權，得派員持審計部稽察證，向有關之公私團體或個人查詢，或調閱簿籍、憑證或其他文件，各該負責人不得隱匿或拒絕；遇有疑問，並應為詳實之答復。

行使前項職權，必要時，得知照司法或警憲機關協助。」，要求司法或警憲機關協助，進入總統府查帳。再者，6月28日審計部官員前往總統府查帳，府方並未提供所有原始支出憑證，反而以「機密」為由，拿出三個信封袋（說看了會死人），並不準審計部官員影印單據。審計部官員可依據審計法第16條規定：「審計機關或審計人員行使前二條之職權，對於詢問事項，得作成筆錄，由受詢人簽名或蓋章；必要時，得臨時封鎖各項有關簿籍、憑證或其他文件，並得提取全部或一部。」要求總統府提供所有原始支出憑證，並將所謂（看了會死人）的「三個信封」封鎖（既然說看了會死人，那就不先不看，把資料封鎖總行了吧）。若總統府不提供所有原始支出憑證或不讓「三個信封」被封鎖，審計部可依審計法第15條要求司法或警憲機關協助，並進行原始支出憑證及「三個信封」的封鎖。如此看來審計部官員對於總統府不配合的態度，並不是無計可施，反而還是有法可依。對於這樣的質疑，審計長蘇振平表示之所以未依審計法相關規定，處理「國務機要費」乙案，是因為總統府是國家最高機關，在審計部看來是「高道德、零風險」的單位，所以才未依審計法規定，採取強制的手段。     蘇審計長這樣的講法，我們可以理解，但不能接受。需知無論任何單位，沒有確實的審查監督，都會發生舞弊的情況。此外對於總統府「國務機要費」乙案，若日後經司法調查後，有不符合審計法規不法支出部分，也要求審計部要依法追繳。