這些邪教組織多數為餘孽勢力的死灰復燃，20世紀80年代，危害最大的邪教組織是土生土長的徒弟會。1985年，陝西省耀縣農民季三保歪曲《聖經》，自稱是「神所立的基督」，杜撰邪教教義「七步靈程」，宣稱「世界末日來臨」、「信教的上天堂，不信的下地獄」。該邪教散佈邪說、蠱惑人心、姦污婦女、詐騙錢財，妄圖改朝換代，其骨幹散佈「現在是黑暗當道，魔鬼掌權」，揚言要「推翻黑黨，砸爛黑政府」，煽動信徒鬧事，圍攻政府。經各省公安部門聯合行動，依法懲處犯罪分子，其組織基本被摧垮。

這一階段從境外傳入、勢力最大的邪教組織是「呼喊派」。「呼喊派」由美籍華人李常受於20世紀60年代中葉在美國加利福尼亞州創立。因其倡導信徒在聚會時，用大聲「呼喊主名」的辦法「釋放靈」，被稱為「呼喊派」。該組織歪曲解釋基督教經典，篡改傳統的宗教儀式，被國內外宗教界視為異端。「呼喊派」一貫敵視中國共產黨和人民政府，採取全方位、多渠道、大規模的戰略，向大陸滲透傳教，以旅遊、探親等名義作掩護，入境進行秘密活動。該邪教首先在浙江、河南、福建三省的農村地區建立組織，並迅速向其他省市發展蔓延，短短幾年內波及20個省市，遍佈大江南北，受矇騙的信徒達數萬人。

自20世紀80年代以來，我國進人經濟轉軌和社會轉型的雙重變革時代。變革與轉型孕育著生機和創造力，也經歷著社會巨變中的破壞性失范，甚至是罪惡的陣痛。當代中國社會相繼滋生出一批光怪陸離的邪教組織。當代中國定性的冒用宗教旗號的邪教組織有14個，其中境外滲透傳入的有11個，它們是「呼喊派」、「被立王」、「中華大陸行政執事站」、「全範圍教會」、「天父的兒女」、「達米宣教會」、「新約教會」、「靈仙真佛宗」、「觀音法門」、「世界以利亞福音宣教會」、「統一教」；境內土生土長的3個，它們是「徒弟會」、「靈靈教」、「三班僕人派」。

當代中國邪教組織的思想資源類型分為三類。第一類，剽竊西方傳統宗教文化資源。這類邪教教主摘取基督教《聖經》中的隻言片語，編造邪說，自我造神。其始作俑者，歪曲《聖經》，將自己神化為崇拜的偶像，建立至高無上的絕對權威，以實現其狂妄的野心。1988年，原「呼喊派」骨於吳揚明，歪曲《聖經 路達福音》中「被立」一詞，自稱「被立王」，標榜自己是耶穌的化身，建立「被立王」邪教組織。他肆無忌憚地神化自己，妄稱：「耶穌已過時，只有『被立王』才是唯一真神。」他編造邪教教義，宣揚「末日」邪說，散佈「大難就要來臨，人要死去三分之一，只有信『被立王』才能得救」。

第二類，假借東方傳統宗教文化資源，摘取佛教、道教、儒學等經典詞句，肆意曲解，編造邪說，自我神化。這類邪教組織多模仿東方神秘主義修煉方式，如素食、坐禪等，刻意營造盲目崇拜教主的神秘氣氛。舉例言之。1998年，原「觀音法門」骨幹許成江在吉林市舉辦「弘法」學習班，宣講其「潛修」的「圓頓法門」。該邪教組織以「強身健體、消災治病」為名，發展信徒。教主以「供養」、「圓頓」為名，騙斂錢財。1998年11月至1999年3月，該邪教組織僅在湖南省一地，就聚斂「供養」經費20餘萬元。經依法治理，該邪教勢力已被遏制。

第三類，打著「人體科學」的旗號，將氣功「邪教化」，滋生一批新興邪教組織。這些冒用氣功名義，具有邪教性質的組織，主要以大城市為活動的基地。氣功是中國傳統醫學的一種養生和保健方法。它通過意念的控制和呼吸的調解，達到強身健體的目的。形形色色的氣功大師紛紛粉墨登場，故弄玄虛，吹噓自己的特異功能，能透視遙感、預知未來，能奇門遁甲、法力無邊。這種巫術化的氣功浪潮，推動新興邪教勢力的滋生。

邪教組織的主要危害之一是精神控制。邪教教主自命為至高無上的「神」，逐漸削弱信徒心理防線，扭曲其正常人格，剝奪其獨立思考能力。教主的政治野心和權利慾望，隨著其勢力的擴張不斷膨脹，策劃或鼓動信徒的精神和行為達到痴迷。痴迷者自殘、自殺的案例，就是教主精神控制造成的惡果。

非法斂財也是邪教組織的危害之一，組織者常採用秘密結社的方式，要求信徒斷絕或疏遠與家庭和社會的聯繫，對教主奉獻出自己的一切，包括思想、財產乃至肉體、生命。教主攫取信徒的「捐獻」，非法斂財，驕奢淫逸，肆意揮霍。

暴力行為可以算是邪教組織最大的危害，邪教教主大肆宣揚世界末日，製造恐慌氣氛，使信徒狂熱盲從。當教主感到其「神」的地位受到威脅，便鋌而走險，以世界末日來臨為號召，煽動信徒暴力相抗，激烈反抗社會，以自殺、槍戰、放毒等瘋狂手段，造成慘烈的社會危害。例如韓國「達米宣教會」宣揚世界末日來臨，策劃「集體升天」，吉林省13個市縣的33個鄉鎮，直接參與「升天」活動的信徒達1200多人。受矇騙的信徒極度狂熱，夜以繼日，集體祈禱。宣稱：「如果耶穌零點不來迎接，就採取集體自殺的辦法升天」。當地政府迅速採取有力措施，及時制止了「集體升天」活動，遏制住這股邪教勢力的蔓延。