金門自古屬福建省同安縣所轄，1915年始創縣治。

漢人移民對金門的開發依據可考的史料始於晉代。根據清代《金門志》的記載，晉代共有蘇、陳、吳、蔡、呂、顏六姓家族因躲避戰禍移居金門。

803年唐代朝廷在泉州設置五個牧馬場，浯洲為其中之一，陳淵任牧馬監，此為金門島上設置行政機構之始。蔡、許、翁、李、張、黃、王、呂、劉、洪、林、蕭十二姓隨陳淵入島開墾，陳淵因此而被尊為「開浯恩主」。

1387年，明太祖朱元璋令江夏侯周德興經略福建沿海，共設五衛十二所。金門守御千戶所為十二所之一，明兵部稱呼金門是「中左所」，下轄峰上、管澳、田浦、陳坑四個巡檢司，後又增設烈嶼巡檢司。因金門固守福建東南海口，取「固若金湯，雄鎮海門」之意而得名金門。

南明時期，金門由鄭成功政權實際控制。1664年清軍攻佔金門後，曾採取遷界措施，強制居民遷至海岸綫30華里外，島上人煙無存。1674年－1679年，鄭氏復佔金門，並以此作爲對中國內陸進行軍事行動的前進基地。1680年清軍二度攻佔金門後，沿襲舊制隸屬於福建省同安縣（今 福建省廈門市同安區），1683年清軍攻佔臺灣後實施復界，因遷界離開的居民陸續返回原籍。

1914年，清代地方區劃制度廢除，廈門自同安縣獨立分置思明縣（今 廈門市），金門劃歸思明縣管轄。1915年金門獨立設縣，管轄大、小金門，大、小嶝島及周邊島嶼。1933年閩變發生後一度由中華共和國所據，劃為泉海省（後改稱興泉省）。1937年日軍佔有金門，金門縣政府暫時搬到大嶝鄉（即今廈門市翔安區大嶝鎮）上租借民房辦公，直到1945年二次世界大戰結束。

1949年古寧頭戰役後，暫停縣治改設金門軍管區行政公署，直到1953年民國結束軍管制度，恢復縣治，成立縣政府。

1958年8月23日－10月5日，中華人民共和國聲稱「聲援中東人民的反侵略鬥爭」，於金門爆發八二三砲戰。直到1979年，美國與中華人民共和國建交，中國大陸發表《停止砲擊大、小金門等島嶼的聲明》，歷時21年的金門砲戰才正式劃上句號。

1995年10月18日，成立「金門國家公園」，成為中華民國第六座國家公園，是首座位於離島的國家公園，也是首座以維護歷史文化資產、戰役紀念為主，並兼具自然資源的國家公園。2004年2月3日，啟動金門-廈門航海線，開始「小三通」。

中華人民共和國的金門縣

1949年，中國人民解放軍攻取金門縣的大嶝島、小嶝島及角嶼，成立大嶝區，由南安縣代管，任命陳奕東為中華人民共和國第一任金門縣縣長。1955年，成立金門縣人民政府，由南安縣副縣長梁新民擔任（但新聞發布中卻以劉其固為縣長），縣政府辦公地點設在南安縣政府大院內，一度出現了兩個金門縣政府。1970年，大嶝區劃歸同安縣管轄。而中華人民共和國任命的金門縣長梁新民，終其一生也未能赴金門就任。

地理