抗日戰爭
1937年8月，抗日戰爭全面爆發後，國民黨軍進行整編時，以第十二軍團第76師為基礎，在浙江擴編組成為第79軍，夏楚中任軍長。下轄第76師，張鈁任師長。該軍組成後，隸屬第三十二集團軍，參加了淞滬會戰。

1938年2月26日，羅卓英升任第19集團軍總司令兼南京衛戍副司令長官。第六七師師長黃維繼任第十八軍軍長，陳沛任副軍長，隸屬國民黨軍事委員會直轄。此時，第十八軍下轄：第十一師，彭善任師長；第六十師，陳沛兼任師長；新編第23師，盛逢堯任師長。原 第六七師改隸第三十二集團軍。同年7月至9月，武漢會戰爆發後，第十八軍在九江至南昌的南潯鐵路德安地區作戰，打破了日軍迂迴德安之企圖。南潯路作戰結束後，第十八軍由於建製過大，被擴充為第十八軍、第五四軍、 第七九軍。

在淞滬會戰後，?第54軍第98師和第67軍第108師編入該軍，此時，該軍下轄：第76師，王凌雲任師長；第98師，王甲本任師長；第108師，張文清任師長。1938年6月，該軍調至湖北參加了武漢會戰。在武漢會戰後，該軍原轄第108師改隸第25軍。1939年初，新組建的第118師編入該軍，王嚴任師長。此時，該軍下轄第76師、第98師、第118師。同年春，該軍改隸第9戰區後，先後參加了南昌會戰，第一次長沙會戰和1939年冬季攻勢作戰。1940年春，該軍進行整編時，原轄第76師改隸第2軍，第118師改隸第87軍，另將第92軍第82師、新編第6軍暫編第6師、第10軍第79師改隸該軍。不久，第79師改隸第86軍。至此，該軍下轄：第82師，羅啟疆任師長；第98師，王甲本兼任師長；暫編第6師，龍雲飛任師長。此次整編後，該軍由國民黨軍事委員會直轄，在湖南寧鄉整訓。1941年下半年，該軍改隸第9戰區後再次進行編制調整，第82師改隸第20集團軍直轄，另將第19集團軍直轄的第194師改隸該軍。此次編制調整後，該軍先後參加了第2次、第3次長沙會戰和浙贛會戰。1943年3月，該軍隸屬第10集團軍時，夏楚中升任第10集團軍副總司令，王甲本繼任軍長，郭禮伯、甘登俊任副軍長。此時，該軍下轄：第98師，向思敏任師長；第194師，龔傳文任師長；暫編第6師，趙季平任師長。

此後至1945年12月，該軍先後參加了鄂西會戰、常德會戰、常衡會戰和桂柳會戰等。在常衡會戰後期，軍長王甲本在湖南省東安地區與日軍作戰中殉國，方靖繼任軍長。1945年4月，該軍由廣西調至四川內江地區休整時，第93軍暫編第2師改隸第79軍。同年6月，該軍暫編第6師被裁減。此時，該軍下轄第98師，向思敏任師長；第194師，龔傳文任師長；暫編第2師，曾晴初任師長。

第七十六師

        第98師

淞滬會戰後，轉至第79軍,王甲本任師長。1943年3月，向思敏任師長；

      第108師，

淞滬會戰後，轉至第79軍,張文清任師長。改隸第25軍。

       第118師

1939年初，新組建的第118師編入該軍，王嚴任師長。1940年春，改隸第87軍。

        第82師

1940年春，改隸79軍。羅啟疆任師長；1941年下半年，進行編制調整，第82師改隸第20集團軍直轄，

       新編第6軍暫編第6師

 1940年春，改隸79軍，龍雲飛任師長。1943年3月，暫編第6師，趙季平任師長。

       第79師

 隸第10軍,1940年春，改隸79軍。第79師改隸第86軍。

     第194師

 第19集團軍直轄的,1941年下半年，改隸79軍。1943年3月，龔傳文任師長；

解放戰爭
抗日戰爭勝利後，該軍隸屬國民黨軍事委員會直轄，移防四川宜賓地區，擔任後方守備任務。1947年，該軍改隸重慶行營時，將暫編第2師改稱第189師。此時，該軍下轄第98師、第189師、第194師。同年底，該軍由四川調往陝西，改隸西安綏靖公署。1948年春，該軍改編為整編第79師，軍長方靖改任師長，下轄第98改編為整編第98旅，胡一任旅長；第194師改編為整編第194旅，向思敏任旅長。同時將原轄第189師裁減，士兵分別補入整編第98旅、整編第​​194旅。同年9月，該師恢復第79軍番號，方靖任軍長，下轄整編第98旅恢復第98師，胡一任師長；整編第194旅恢復第194師，傅傳文任師長。11月，人民解放軍發起淮海戰役後，國民黨軍為增強華中地區防禦力量，將該軍由陝西調至湖北，隸屬華中“剿匪”總司令部。1949年2月，該軍在荊門戰役中，其軍部及所轄第98師大部被人民解放軍殲滅，中將軍長方靖被俘。此次作戰後，該軍重建軍部和第98師，由龔傳文繼任軍長。同時將新建第199師編入該軍。此時，該軍下轄：第98師，胡一任師長；第194師，傅傳文任師長；第199師，肖炳宣任師長。同年7月，該軍先後編入宋希濂兵團和第14兵團，在參加宜沙戰役後，退往川東地區。1949年11月，該軍第98師、第199師在西南戰役中被人民解放軍全殲。殘部逃到川東忠縣時，改隸第16兵團指揮，並將第110軍第140師改隸該軍。12月21日，該軍在川西什邡縣隨川鄂邊綏靖公署副主任董綜衍和第16兵團副司令曾蘇元起義，接受人民解放軍改編。