三任總督治台無方
日治初期，台灣惡劣的衛生環境與疫病肆虐，讓接收台灣的日軍傷透腦筋，1895年，日軍攻佔台灣期間，陣亡人數為 4806人，其中戰死僅 164人，因病死亡人數卻高達4642人，因病死亡者高達戰死者的40倍。
剛接收台灣的日本殖民政府，一直是以征服者的姿態，引進西方制度統治台灣。前三任總督都採高壓方式治理台灣，招致台灣人民的反抗，都無功而退，任期也都很短，第三任總督乃木希典離台前，甚至向日相伊藤博文建議，將台灣賣給法國，以免日人生命和日本政府財務繼續在台虛耗。
生物學統治
台灣總督府曾在1895 年就聘請後藤新平(當時任日本內務省衛生局技術官僚)為衛生顧問，隨後，台灣第四任總督兒玉源太郎上任(1898-1905年)，聘後藤新平出任民政長官(總督府的第二號人物)。
後藤新平以生物學上的比目魚為例，說：「比目魚的兩眼長在身体的同一邊。若一定要把比目魚的眼晴改裝在身体的兩邊，那是違反生物學的原則。比目魚眼睛之所以長在同一邊，是有生物學上的必要才產生的。在政治上亦同，我們必須先了解台灣人的習性，依據其習性定出一套管理辦法才有效。」
1898年，後藤的台灣「生物學統治」就此展開，包括建立衛生行政體系、創辦醫院和醫學校、制定醫事人員管理規則、改善公共衛生、展開傳染病調查與人口普查，為台灣現代化的醫療發展，奠定了堅固的根基。
土地及戶口調查
後藤在擔任台灣民政長官任內，積極進行土地調查、戶口普查及風俗習慣調查，為台灣的文化、風俗、民情和律法留下重要的紀錄。土地及戶口調查的全面與精確，不但成為日本殖民統治與建設的重要基礎，其影響甚至延續到戰後國民政府在台灣的施政。
他招撫抗日份子，攏絡台灣的士紳，奠定日本在台灣往後的統治基礎。後藤曾說：「殖民地行政計畫，在目前科學進步之下，必須根據生物學的原則。也就是要發展農業、工業、衛生、教育、交通、警察。如果以上各項能夠完成，我們就可以在生存競爭中獲得保全及勝利。」
產業蓬勃發展
在產業上，後藤新平選定了在台灣原本就有基礎的糖業，引進新式製糖技術、經營模式及大量資本，促使台灣糖業蓬勃發展。他也大力推動鐵路、港口和公路等交通建設，現今的縱貫鐵路絕大部分就是在其任內所完成。在台灣林業史上曾經扮演重要角色的阿里山森林鐵路亦是由後藤新平主導興建。
推動的各項交通建設，主要目的是為了建立商品運輸網路，甚或說商業利益剝削網路，阿里山森林鐵路的開闢，其實是著眼於豐饒的森林資源。而大量的日本資本投入台灣糖業，則是使得台灣本土的糖商與蔗農遭受不平等的對待，台語講：「愚人種甘蔗給會社磅」，會社就是日本糖商，亦即是表達對日商剝削的抱怨。
後藤新平找來英籍工程師巴爾頓，在台北建設上下水道，巴爾頓原就是在東京建設上下水道的工程師，但他來台後在台北的上下水道工程做的比東京要好。他在台灣感染阿米巴痢疾，回東京治療但不幸病死。他生病後，由濱野彌四郎接手，他是巴爾頓的學生，功力不輸他的師父。
值得一提的是，大家耳熟能詳的八田與一，是濱野彌四郎的部屬，之後到嘉南主持嘉南大圳工程，留下當時台灣最重要的建設。
台灣人貪生怕死
後藤新平的治台名言：「台灣人貪生怕死、貪小便宜、愛面子！」任何台灣人聽了都會恨他恨得牙癢癢，不過也有親日派人士稱他是台灣現代化的推動創始者。雖然他是一位爭議性的人物，但他的作為和他的話卻值得台灣人反省和深思！
日據時代50年間，日本人設立了水、電、交通、上下水道、家戶衛生等基本建設，也致力推動台灣的醫療衛生建設，幾乎撲滅了鼠疫、天花，控制住霍亂、瘧疾、登革熱大流行。
鴉片成癮、留辮、纏足是日治時期台灣民間三大陋習，日人從初期緩禁和鼓勵民間自行革新，到後來積極改革台民陋習，成果顯著。
數字會說話
總而言之，日本人對於台灣整體的基礎建設功不可沒，對公共衛生進步與發展亦有極多貢獻。台灣第一次有平均壽命推算是1905年，女31 歲，男 28 歲，1945年日本人撤退時，女生的平均壽命來到53歲，男生則是46歲，女性增加了22歲，男性增加了18歲。
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