與沈君山相關的文學趣聞中，必定會提到與詩人余光中評清華大學是「文化的沙漠，瘋子的樂園」。原來沈君山1973年在清大擔任院長時，曾邀請余光中到清大演講，當余光中引述詩句「天空非常希臘」，在座理工教師們反駁：「希臘是名汽車防蚊網詞，怎麼能用來形容？」

當下余光中氣得回應：「文學不是方程式，不懂不要亂講。」演講結束就立刻離開，沈君山只好一路賠罪。1996年，沈君山時任清大校長，邀請詩人再訪清大演講，余光中有感而發表示，「沙漠消失了。」沈君山卻得意地說，「依然是瘋子的樂園。」

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九歌出版社總編輯陳素芳表示，這段趣聞收錄在沈君山的散文集《浮汽車防蚊紗窗生三記》中，陳素芳回憶，「沈君山曾說：我是中風之後才成為作家的。我問他：您是科學人，為什麼文章寫得這麼好？他說，因為邏輯好啊。」

陳素芳表示，2005年沈君山二度中風，當時續作《浮生再記》即將付印，沈君山最後寫了一篇〈二進宮〉，描述二度中風後在死亡懸崖上勒馬、跟死神交手的經驗，在人生夾縫中尋找樂趣，冷靜、豁達而沉著，卻也成為他人生最後的作品。