有謂錢穆同情清儒，唐君毅致函徐復觀，煞有介事：

錢先生之思想自其《三百年學術史》看便知其素同情即情慾即性理一路清人之思想，此對彼影響至深。彼喜自然主義、喜進化論、行為主義。由此論德性，亦一向如此。彼有歷史慧解，生活上喜道家，故在歷史上善觀變。但其思想實自來不是《孟子》《中庸》至宋明理學之心學道學一路。

然而，細讀＜程朱與孔孟＞(收《中國學術思想史論叢》)，錢穆對戴東原頗有微言，而以朱子為宗，他說：

程、朱在宇宙論上較孔、孟為開發，其於人生論上亦不能不於孔、孟有變動。陸、王對於程、朱所創宇宙論一面，疏忽放棄；其對人生論一面，亦說成輕易簡薄。而顏、戴又從人生論一面來反程、朱，反而說成反孔、孟，而儒家傳統精義，亦全歸漫失了。

孟子曰：「養心莫善於寡欲。」又曰：「生，我所欲也。義，亦我所欲也。二者不可得兼，捨生而取義者也。」可見義與欲不同。戴東原《孟子字義疏證》把此一番話忽略了，遂成大錯差。天既欲人之生，又欲人之義，而有時又使二者不可得兼，故孔、孟則教人知命，而程、朱又教人窮理。窮於理而不欲生，蓋理是大通的，而生則是小別的。孟子曰：「盡心知性，盡性知天」，此乃窮理之極致。亦人道，亦天道，乃由小別而躋於大通。知人知天，即是知命，而是一種更深的知命，這裡便寓有一種極深厚的宗教信仰與宗教情緒。豈東原專一斟酌於人欲而求其恰好之所能知乎？

今朱子言理在眾有之先，而東原言理乃在群欲之後，然則此群欲何由生？豈天之生人，與以欲而不與以理，如東原之所想像乎！故東原之說，不僅反朱子，並反王弼，亦反孔、孟。反程、朱而不上溯之於孔、孟，則必有此失矣。

後之學者，研程、朱，必上溯孔、孟，乃不失程、朱之所宗。若遺棄孔、孟，一尊程、朱，則如水無源，如木無根，亦只見其枯竭之不待終日矣。而如清代乾嘉諸儒，尊經學、蔑理學，如木之伐其枝葉，水之窒其流潦，而曰我將以存養其根源，則根源之得養得存者亦幾希矣。

概言之，錢穆認為，孟子是有將「義」與「欲」分成兩層的，「義」凌駕於「欲」，具優先性，故「二者不可得兼，捨生而取義者也」。

程朱教人窮理，窮於理而不欲生，這仍是孟子「捨生取義」的延續，當中「寓有一種極深厚的宗教信仰與宗教情緒」。

直至清代戴東原出，言「理乃在群欲之後」、「斟酌於人欲而求其恰好」，此分明是把「義」「欲」的兩分解消掉，而有違於程朱、孔孟的本旨，「東原之說，不僅反朱子，並反王弼，亦反孔、孟」即由此說。

錢穆對東原的講法是不以為然的，所以他說：「顏、戴又從人生論一面來反程、朱，反而說成反孔、孟，而儒家傳統精義，亦全歸漫失了」，又說：「清代乾嘉諸儒，尊經學、蔑理學，如木之伐其枝葉，水之窒其流潦，而曰我將以存養其根源，則根源之得養得存者亦幾希矣」。

在人生界是捨生取義，在宇宙界是理先氣後，《朱子新學案》有以下一條：

整菴疑朱子言理氣，終為體究未盡。厥後王船山論道器，乃曰：「天下惟器而已矣。道者器之道，器者不可謂之道之器。」亦求打併歸一。其論乃承整菴而來。然整菴、船山弊尚不甚著，至習齋、東原，則弊乃益顯。(＜朱子論道器＞)

錢穆既不許可唯氣論，唯欲論，唐君毅「其素同情即情慾即性理一路清人之思想」、「彼喜自然主義、喜進化論、行為主義」、「其思想實自來不是《孟子》《中庸》至宋明理學之心學道學一路」，都不是事實。

退一步，就算唐君毅所言是對，《近三百年學術史》成於抗日戰爭前後，即三十年代。＜程朱與孔孟＞成於 1954 年，為錢穆讀朱子書後。《致楊聯陞書 (1965 年 1 月)》：「因治朱子書乃懂得亭林與梨洲兩人之高下，又更明白到戴阮諸人評議宋儒之無當……」錢穆未嘗不可發生思想上的轉變，一改過去所持看法，總之，錢穆仍歸宗宋明儒，特別是歸宗朱子，這是無可懷疑的。