除了與淺井、朝倉、武田、毛利諸氏對抗，織田信長還要面對來自石山本願寺的挑戰。

石山本願寺位於攝津國大坂，屬淨土真宗寺院。淨土真宗是日本佛教主要宗派之一，又名一向宗、本願宗、門徒宗，乃日本佛教唯一許可僧人娶妻生子的教派。

本願寺傳至第十一代，門主顯如與武田信玄、朝倉義景等有姻親關係。石山本願寺又地處通往京都的要道上，極具戰略價值。信長欲上洛，兼與朝倉、武田等不和，激起本願寺反對，實在是意料中事。

淨土真宗教義淺白，修行方式簡單，只需口唸「南無阿彌陀佛」，便可藉佛的願力，直達西方極樂世界。不少低階武士、農民、海盜因而成為忠實信徒，謂之一向宗門徒。

一向宗門徒崇拜和尊敬門主，故此，當顯如受足利義昭手諭加入「信長包圍網」，與武田、毛利、淺井、朝倉諸氏同一陣線時，一向一揆此起彼落。「一揆」在日本語專指民變、民亂。室町幕府後期，出現土一揆 (受不了苛捐雜稅的農民或小商人起來反抗)、國一揆 (有武裝勢力的土豪 / 武士群首領企圖從地方守護手中奪取統治權) 、一向一揆。

元龜元年 (1570 年) 起，伊勢國長島爆發一向一揆。四年後，信長率大軍從水陸兩路切斷敵方兵糧補給，長島一向宗門徒投降。信長在一乘谷之戰攻入越前國，消滅朝倉義景，激發越前國爆發一向一揆。信長強力鎮壓，許多一向宗門徒被屠殺。當然，過程中，織田軍也吃了不少苦頭，折損數名大將。

隨著長島、越前各地的一向一揆以失敗收場，顯如的大本營 – 石山本願寺遭三面包圍。天正八年 (1580 年)，由於和毛利家連接的海上糧道被織田水軍斷去，石山本願寺陷於孤立。顯如打算跟信長和談，離開本願寺，主戰的長子教如卻不遵父命，留下抵抗。教如卒之彈盡糧絕，石山本願寺最後被信長燒毀。

自信長崛起，殺今川義元、控制美濃國、奉足利義昭上洛未幾逐其出京都、滅朝倉淺井兩家、剷平一向一揆等，俱破壞原有的勢力均衡，隱然有統一全日本的傾向。加上地方有實力的大名如武田信玄、上杉謙信相繼去世，這位「第六天魔王」更加可以肆無忌憚。信長包圍網原意是要維持現有分裂狀態，令各國得益，惜乎信長勢銳不可擋，據此看天正九年 (1581 年) 一月的京都軍馬演練，信長已預備好成為全日本的實際統治者。

是次軍馬演練由明智光秀打點準備，在京都皇宮的東邊馬場舉行閱兵。正親町天皇亦有出席參觀。《信長公記》：「參觀的民眾不論貴賤，得以生於如此可喜可賀之世，得以參觀古往今來難得場面，皆感畢生難忘心懷感激。」可見規模盛大。

明智光秀原本是美濃國齋藤道三的家臣，道三死後，他與家人先投靠武田氏，再投靠朝倉氏，之後隨足利義昭投靠織田信長。他後來策動「本能寺之變」，殺死信長及其子信忠。