2000年，代表民主進步黨的陳水扁當選中華民國總統後，金美齡被中華民國總統府聘為國策顧問。2005年2月28日，金美齡因不滿代表民進黨的中華民國總統陳水扁與代表第二大反對黨的親民黨黨主席宋楚瑜會面，辭去國策顧問職務；但在同年5月20日，又獲續聘。2006年9月，民進黨前主席施明德發動百萬人民倒扁運動，要求總統陳水扁為貪污醜聞辭職負責，金美齡為此發表言論表示即使阿扁罪大惡極，只要阿扁扛起台獨的旗幟，無條件支持陳水扁，且認為施明德沒有能力達成目標。

金美齡多次表示，「日本和台灣是命運共同體」，「今日香港，明日臺灣，後天沖繩」。由於這個原因，她已經成為日本著名的政治評論家。

2014年中華民國直轄市長及縣市長選舉，金美齡為台北市長候選人柯文哲籌策募款活動，藉由她良好的政界關係，請來諸多重要日本政治人物站台。

金美齡認為柯文哲與安倍晉三首相相同，皆說話太快、咬字不清，兩人卻都是為了公義(公益)。 在記者詢問下表示，她不管柯文哲競選總幹事姚立明2008年對她的批評，也不記得姚立明是誰，並不會在乎小人物的動作。

2019年，對於5年前的發言，金美齡解釋說，她並不認識柯文哲，當年因為有台灣友人說，「只有柯文哲才能贏過國民黨候選人連勝文，民進黨也支持」，而她返台時，友人也帶柯文哲到飯店拜訪她，但柯文哲沒有跟她說什麼話，一直在吃飯店的三明治，她覺得這個人很有趣。於是在柯文哲訪日時，她幫忙安排行程，還自費100萬日圓幫柯文哲開了一場空前絕後盛大的Party造勢，拉高支持度；後來柯文哲去中國講兩岸一家親，她罵柯文哲，柯文哲有來道歉，但她有跟柯文哲說「我以後不理你了」。