1899年，日人治台5年之後，混亂局面漸趨穩定，為加強控制、經營台灣，台灣總督府開始籌款修築縱貫鐵路。工程分北、中、南3段，在當年5月動工。高雄到台南的一段很快就完成了。從站前所停靠，當時仍屬少見的自用汽車看來，可以想見，身為台灣著名大都會之一，昔日台南進步發達的景況。

日治時期的鐵路規劃，一般而言，經過清代舊城時，為了避免影響城內的空間發展，往往儘量避城而行，把車站設於城外，再建一條幹道與市區聯絡，如台北、新竹、嘉義等都是。惟有台南，因城池寬闊，空間不虞匱乏，鐵路便直接由大北門東側入城，沿今北門路南下，跨過東門大街後出城。車站也因此設在城內。這種鐵路穿城而過的例子，在當時是極為少見的。

在歷經30年的歲月後，「台南驛」日漸老舊，也不敷使用。1932年，配合鐵路雙線工程，鐵道部開始設計改建台南火車站。由於是原址改建，施工與營運必需兼顧，既費事又費時，結果花了整整將近4年的時間，才在1936年完工。改建後的台南站為2層樓建築，包括前棟大廳、居中的候車室與後方月台。外貌與今日幾乎沒有太大差別。當時除掉客、貨運輸外，候車室2樓同時還經營餐廳與旅館生意。這在當時全台灣大小火車站中，算是少有的特例。

明鄭時期 (1662~1683)
鄭成功攻取普羅民遮城，改東都承天府治。攻取熱蘭遮城，改安平鎮。鄭成功逝世，世子鄭經即位，任陳永華為謀主，在他的規劃推動下興建台灣第一座孔廟，設立學校，開啟了文化的先聲。興水利，課農桑，安撫原住民等等，種種施政，使台灣逐漸成為漢人的樂土。

清領時期 (1683~1895)
改明鄭的承天府為台灣府，建四草砲台，安平小砲台，英商於安平設德記、和記洋行，億載金城砲台完工，建赤嵌樓清式建築，台灣府改台南府。因滄海桑田的變遷，昔日波光粼粼的台江海岸，因發生大風雨，大量河沙注入台江，千里汪洋盡成海埔。幾經修復，仍無法挽救，優勢盡失。

日治時期 (1895~1945)
日軍進據台南，台南驛（台南火車站）落成，洋行完全撤離安平。地方法院開始興建。台南廳舍（台南市政府）落成。台南改制台南市。台南新運河開通。台南驛改建竣工。日人除了對思想的箝制外，對台南市容也做了不少改頭換面的功夫。古都台南就在日人手中，逐漸有了現代化都市的雛形。

光復後 (1945年以後)
定台南市為省轄市。全市劃分為7個行政區，廢日式町名，改今街名。孔廟進行修復，規劃孔廟文化園區。

300多年來所累積的傳統文化精華，使台南成為無可取代的文化古都。台南就在歷史文化餘暉的映照下，重新蹣跚起步，展開各區復原的工作。