後燕王謀反，方孝孺勸惠帝他幸，力請守京以待援兵未果，至燕兵入京，惠帝自焚。方孝孺被執下獄。
據〈明史方孝孺列傳〉，明成祖對方孝孺說：「先生毋自苦，予欲法周公輔成王耳。」孝孺曰：「成王安在？」成祖曰：「彼自焚死。」孝孺曰：「何不立成王之子？」成祖曰：「國賴長君。」孝孺曰：「何不立成王之弟？」成祖曰：「此朕家事。」顧左右授筆札曰：「詔天下，非先生草不可。」

孝孺投筆於地，且哭且駡曰：「死即死耳，詔不可草」。成祖曾以「滅九族」威脅，孝孺道：「便十族奈我何？」並且取筆書：「燕賊篡位」四字。成祖大怒，令殿前武士以刀插入孝孺口中，向兩邊割至耳際，孝孺仍和血大罵，成祖怒，命磔（ㄓㄜˊ車裂）諸市。成祖以孝孺弟子為第十族，全部殺害。孝孺的親友弟子被害髙達873人。成為歷史上唯一被誅十族之人。而親族被流放充軍者數以千計。

《文後感言》
方孝孺46歳赴難，一直到二百年後，明末南明弘光帝朱由崧，追諡為［文正］，方得之平反。
方孝孺的妻子鄭氏及兩個兒子中憲、中愈事先自縊身亡，兩個女兒跳進秦淮河自殺。據載方孝孺門人廖永忠，冒死撿拾其骸骨，葬于南京城南的聚寶山。幾天後也被朱棣殺害。幸賴明洪武年間的刑部尚書魏澤，事先得到方孝孺將被滿門抄斬的消息，藏匿方孝孺的兩名幼子及其文稿，方孝孺一脈得以保留。

據〈明史〉記載明成祖軍師姚廣孝曽對成祖説：「殺孝孺，天下讀書種子絕矣！」
胡適在〈方孝孺的政治思想〉一文中，提及「方孝孺是明初一個了不起的人。外人常說中國很少殉道的人，或説為了信仰殺身殉道的人很少，但仔細想想，這是不確的。我們的聖人孔夫子在2500年前，就提倡有［殺身以成仁，毋求生以害仁］，這是我們的傳統。方孝孺就是為主張、為信仰，為他的思想而殺身成仁的一個人。明成祖毁滅方孝孺的政治思想，所以明朝200年，再没有政治思想家。這是由于方孝孺被殺的慘劇所造成的。」

明萬歷年間，湯顯祖為方孝孺修墓立碑建祠，可惜毁於戰火。清李鴻章又重新為其修墓立碑，均遭到戰爭波及被毀。直到2002年在方孝孺遇難600年，有人捐款給雨花台管理局，重新修整了方孝孺墓。雨花台的烈士陵終是方孝孺供後世瞻仰憑弔之所，方孝孺英靈得以棲身之地。
雖然「哲人日已遠，典型在夙昔」方孝孺的正義凜然的磅礡大義，令後人無限的崇拜景仰啊！

（南京雨花台 方孝孺紀念碑 ／取材網路）