由於陳水扁依憲法規定具有刑事豁免權，檢方先將吳淑珍等4人提起公訴，至於陳水扁將於卸任後，由檢方追訴。

總統府方面與行政院中午種種跡象顯示，已感覺檢方今日山雨欲來之勢：副總統呂秀蓮中午取銷行程，從澎湖趕回；總統府副祕書長卓榮泰近午亦不尋常的主動召開記者會，透露國務機要費中使用「發票核銷」的六大外交專案；而更詭譎的，各部會首長緊張的用電話互探究竟，政壇出奇的官心惶惶。由於股市在下午1時30分收盤，一般研判這是檢方選擇在下午3時才召開記者會說明起訴案的主要原因。

倒扁總部幹部魏千峰中午表示說，會給民進黨一段時間回應，倒扁總部呼籲陳水扁自己宣布下台，對於吳淑珍等人遭到起訴，感到安慰。

由於陳水扁之前曾承諾如有犯罪、污錢就會下台，如今，高檢署認定吳淑珍是陳水扁貪污的「共同正犯」，下午起訴書一經公告，勢將衝擊政壇，也直接影響北高市長選情。

被台北地檢署起訴的被告和罪名：總統夫人吳淑珍，罪名為偽造文書及貪污治罪條例，前總統府副秘書長馬永成，罪名是偽造文書罪，陳水扁總統辦公室主任林德訓，以及總統府會計兼出納陳鎮慧2人，則觸犯偽造文書罪及偽證罪。

據了解，由於馬永成之前被高檢署查緝黑金行動中心約談到案時，就是以被告的身分應訊，在被告有說謊的權利下，馬永成，「因禍得福」，不涉偽證罪。

檢方指出，遭起訴的林德訓及陳鎮慧兩人，後因充分配合辦案，檢方在偵結時，一併請求法院給林等2人，緩刑的機會。

至於幫吳淑珍蒐集發票的總統府機要室主任曾天賜，杏林新生製藥公司董事長李碧君，則因配合檢方辦案，獲緩起訴處分，緩起訴時間為2年。檢方表示，曾天賜除了觸犯湮滅證據罪外，另犯刑事偽證罪，至於李碧君所涉罪名則包括偽證罪、商業會計法及稅捐稽徵法。

高檢署檢察長謝文定、台北地檢署檢察長顏大和，上午聯袂在高檢署祕密進行書類審核，雙方決定下午3 時，向司法院商借3樓大禮堂，由承辦檢察官陳瑞仁親自出席國務機要費偵結記者會。

依憲法規定陳水扁總統具有刑事豁免權，檢方將暫時把陳水扁涉及刑事犯罪的卷證，以「暫留」的方式，交由高檢署保管，待20008年5月20日，陳水扁任期屆滿後，將卷證起出追訴陳水扁所涉的貪污行為。