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學生會制度的設計，在改組後的學代大會中，
出現了兩種對立的意見：
由章程制定委員會所提出的草案中，
主張仍然維持原來代聯會時期的內閣制「大會｜委員會制」架構，
僅將由職員組成的執行部改成由普選的學生會長領導，
並將功能強化，而做為會員代表大會的學代大會則仍為學生會的最高權力機關，
有權要求會長執行大會通過的議案；
但另有一部分的學代主張將學生會會長視為全校同學普選出的行政部門領導人，
具有高度的行政裁量權；
而學生代表大會則屬於具有制衡功能的立法部門，
以監督會務和訂立法案為主，和行政部門的地位平行，
加上負責仲裁糾紛的學生法官，基本上成為三權分立的絕對總統制，
和代聯會時期的制度完全不同，後來經過一整年的爭執和討論，
才終於將制度確定為後者。
這雖然是學生自治史上的一大創舉，也成為國內各大學院校爭相仿效的對象；
但是當時全憑一股熱情，倉促改組的作法，雖然有其實際上的苦衷，
卻也造成了往後數年直至今日組織體系一直處於紛爭不斷而無法確立的困擾。
七十七年首任學生會長羅文嘉先生選出後，
面臨的是新法未訂，
舊法不合的窘況，
直到七十八學年度范雲女士任內才終於將學生會的根本大法
「國立臺灣大學學生會自治規程」制定完成，
並經全校同學複決通過。至此方脫離過渡時期的尷尬。

另外值得一提的，
就是原來附屬於代聯會下的臺大青年社和代聯會訊社(現在改名為學生報社)，
趁著組織架構改變時紛紛脫離學生會，成為獨立的新社團。
不獨學生會如此，幾個發展良好的院代會訊社，如醫訊等刊物，也都開始在獨立。
就歷史的觀點看，以前的的代聯會並不是社團，
而是位階高於社團的自治組織，
因此當然可以轄有附屬的社團以利傳承；
但是在改組之前幾年，校方開始視代聯會為一普通社團，
自然令其附屬社團的法定地位消失，
所以這些社團的獨立實在是不得不然，
否則無法取得正常的生存空間。
但是在他們獨立出去後，學生會卻還是得發展自己的出版品及機關報，
因此林奕華時代的學生時報、
賴中強時代的臺大學生會訊都是；
而獨立之後的發展是否會比較好，也是仁智互見。
只是自民國四十年代創刊，五十年正式成社的臺青社，
以及六十年成立的代訊社，在共存共榮三十年後，
自此便和學生會分道揚鑣了。