化學治療引起的口腔黏膜炎就是癌症病患接受骨髓移植時所用的高劑量化學藥物以及平時的一般劑量化學藥物所造成口腔黏膜紅腫、萎縮、潰瘍等現象。它會引起口腔疼痛以致無法順利進食，嚴重時甚至造成細菌感染，引起敗血症。因此，嚴重的口腔黏膜炎會使得下一個療程的治療延後，且必須減少劑量。

化療會引起口腔黏膜炎的原因是因為許多化學藥物會引起口腔表皮細胞釋放出介白素-1(interleukin-1)及a-腫瘤壞死因子(TNF-a)，引起局部的發炎反應及血管擴張，進而使該處的局部化學藥物濃度升高，造成口腔表皮紅腫發炎；此外，化學藥物本身也會抑制了表皮細胞的增生與更新，因而導致黏膜萎縮。發炎加上萎縮，時間一久便形成了潰瘍。此外，當口腔潰瘍時，剛好也正是病人白血球最低的階段，很容易導致細菌在潰瘍處形成菌落，進而釋放出內毒素(endotoxins)，誘使表皮細胞放出更多介白素-1及a-腫瘤壞死因子，惡性循環造成潰瘍更加厲害。

目前尚無絕對有效的方法可以用來預防口腔黏膜炎的發生。有些報導利用口含冰塊使局部血管收縮或是使用含有Allopurinol的漱口水，每天4~6次，可以用來降低5-FU所引起的口腔黏膜炎，其他如amifostine、L-glutamine，folinic acid亦有報告，但這些仍缺乏大型臨床試驗證實，效果也不一致。一般較實際的做法為保持良好的口腔衛生，在化學治療前，先看過牙醫師，處理好蛀牙及牙齦發炎的狀況，飲食方面則保持溫和，避免辛辣、刺激的食物。

總之，口腔黏膜炎的照顧須十分細心，尤其必須會觀察其黏膜炎是否僅是單純的潰瘍，亦或有合併局部細菌、念珠菌或疱疹病毒感染。目前可使用藥物種類很多，但卻缺乏臨床治療準則(guidelines)可以遵循，因此醫師本身的臨床處理經驗十分重要，常有許多病人化療引起的口腔黏膜炎，結果自行跑去看開業的耳鼻喉科，塗塗抹抹，又噴了許多局部麻醉藥，結果卻絲毫沒有改善，回到腫瘤科醫師手上，一看原來合併有念珠菌感染或病毒感染，立刻給予Diflucan或Acyclovir，結果病情改善，數日內立即痊癒，這些都是門診常見的例子。