據《藥師琉璃光如來本願功德經》記載，藥師佛在因地修行菩薩道時，曾發十二大願：

願我來世得阿耨多羅三藐三菩提時：

1. 第一大願：自身光明熾然，照耀無量無數無邊世界，以三十二大丈夫相、八十隨形，莊嚴其身；令一切有情，如我無異。

2. 第二大願：身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善安住，焰網莊嚴過於日月；幽冥眾生，悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業。

3. 第三大願：以無量無邊智慧方便，令諸有情，皆得無盡所受用物，莫令眾生有所乏少。

4. 第四大願：若諸有情，行邪道者，悉令安住菩提道中；若行聲聞、獨覺乘者，皆以大乘而安立之。

5. 第五大願：若有無量無邊有情，於我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。設有毀犯，聞我名已，還得清淨，不墮惡趣。

6. 第六大願：若諸有情，其身下劣，諸根不具，醜陋頑愚，盲聾喑啞，攣躄背僂，白癩癲狂，種種病苦。聞我名已，一切皆得端正黠慧，諸根完具，無諸疾苦。

7. 第七大願：若諸有情，眾病逼切，無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦。我之名號一經其耳，眾病悉除，身心安樂，家屬、資具悉皆豐足，乃至證得無上菩提。

8. 第八大願：若有女人，為女百惡之所逼惱，極生厭離，願舍女身。聞我名已，一切皆得轉女成男，具丈夫相，乃至證得無上菩提。

9. 第九大願：令諸有情，出魔罥網，解脫一切外道纏縛。若墮種種惡見稠林，皆當引攝置於正見，漸令修習諸菩薩行，速證無上正等菩提。

10.    第十大願：若諸有情，王法所加，繩縛鞭撻，繫閉牢獄，或當刑戮，及餘無量災難凌辱，悲愁煎逼，身心受苦。若聞我名，以我福德威神力故，皆得解脫一切憂苦。

11.    第十一大願：若諸有情，饑渴所惱，為求食故，造諸惡業。得聞我名，專念受持，我當先以上妙飲食飽足其身，後以法味畢竟安樂而建立之。

12.    第十二大願：若諸有情，貧無衣服，蚊虻寒熱，晝夜逼惱。若聞我名，專念受持，如其所好，即得種種上妙衣服，亦得一切寶莊嚴具、華鬘、塗香、鼓樂、眾伎，隨心所玩，皆令滿足。

淨琉璃，梵語：वैडूर्यनिर्भास Vaidūryanirbhāsā(Vaidūryanirbhāsa)。

南無東方淨琉璃世界消災延壽藥師琉璃光如來

 藥師佛灌頂真言

南(ㄋㄚˊ)無(ㄇㄛˊ)薄(ㄅㄛˊ)伽(ㄐㄧㄚ)伐(ㄈㄚ)帝(ㄉㄧˋ)

鞞(ㄆㄧˊ)殺(ㄕㄚ)社(ㄕㄜˋ)

窶(ㄐㄩˋ)嚕(ㄌㄨ)薜(ㄆ一)琉(ㄌㄧㄡˊ)璃(ㄌㄧˊ)

缽(ㄅㄛ)喇(ㄌㄚˇ)婆(ㄆㄛˊ)

喝(ㄏㄜ)囉(˙ㄌㄨㄛ)闍(ㄕㄜ)也(ㄧㄝˇ)

怛(ㄉㄚˊ)陀(ㄊㄨㄛˊ)揭(ㄐㄧㄝ)多(ㄉㄨㄛ)耶(ㄧㄝ) 阿(ㄚ)囉(˙ㄌㄨㄛ)喝(ㄏㄜ)帝(ㄉㄧˋ)

三(ㄙㄢ)藐(ㄇㄧㄠˇ)三(ㄙㄢ)勃(ㄅㄛˊ)陀(ㄊㄨㄛˊ)耶(ㄧㄝ)

怛(ㄉㄚˊ)姪(ㄓˊ)他(ㄊㄚ) 唵(ㄢˇ)

鞞(ㄆㄧˊ)殺(ㄕㄚ)逝(ㄕˋ) 鞞(ㄆㄧˊ)殺(ㄕㄚ)逝(ㄕˋ)

鞞(ㄆㄧˊ)殺(ㄕㄚ)社(ㄕㄜˋ)

三(ㄙㄢ)冇(ㄇㄡˇ)揭(ㄐㄧㄝ)帝(ㄉㄧˋ) 莎(ㄕㄚ)訶(ㄏㄜ)