在環保署列管的五十條河川中，台南縣市即有急水溪、曾文溪、鹽水溪、二仁溪、七股溪、將軍溪、嘉南大圳等七條被列為「重點」，其中尤以二仁溪惡名昭彰。二仁溪沿岸早期是廢五金熔煉、酸洗業的大本營，造成「世紀之毒」戴奧辛污染，令人聞之色變，經環保署施鐵腕拆除整頓後，熔煉業已偃旗息鼓，但餘毒仍沉積在河床底泥中，對人體的危害既深且巨。除此之外，來自上游的工業、養豬廢水，也使二仁溪更加澄清無望。

二仁溪與支流總長約六十五公里，下游台南市管轄部分，僅占百分之五，污染比例只有全河川的四十分之一，其他則來自上游的南縣、高縣境內。根據調查，二仁溪最主要污染源來自三爺宮溪、深坑子溪、港尾溝等三支流，占全流域百分之五十六，必須針對這些區段嚴加稽查，嚇阻不肖廠商偷排廢水，才是正本清源之道。

市府對上游污染苦無對策，雖指責縣府取締態度過於消極，但也無法改變「各自為政」的現實，目前準備採取權宜之計，在台南縣市交界處尋覓公有地，設置污水處理廠，將廢水處理後放流入海。這個計畫雖有助於台南市境內河段的清澈，但上游百分之九十五河段如未同時納入整治，或任令污染源持續偷排、傾倒入水，欲求下游水清魚現，簡直難上加難。

愛護鄉土人人有責，事實上很多環保團體，早已默默投入河川巡守、污染防制工作，其貢獻亦有目共睹。不過即將組成的民間「保護家園義勇隊」，赤手空拳，力量畢竟有限，地檢署若能從緩起訴金中，撥款補助添購設備並給予組訓，將可發揮更大的激勵作用。防制水污染的主體在公權力，縣市政府、檢警、環保單位應統合戰力，率同「義勇隊」出擊，將不肖業者繩之以法，不能把「義勇隊」推上第一線，等著撿便宜、收戰果。