對人體無害的微生物存在於人體表面和與外界相通的腔內，通常稱為正常菌群或正常菌群。對人體是必需的，有益無害。一個健康的成年人大約有1×1013個個體細胞，遍布全身的正常微生物總數高達1×1014個，主要分佈在皮膚、口腔、消化道、呼吸道和泌尿生殖道。給它們稱重，重達 2 至 3 公斤！益生菌比較

因為皮膚經常與外界環境接觸，所以細菌的種類和數量很多。口腔和結腸營養豐富，適合多種細菌的生長繁殖。細菌的種類和數量很多。咽、食道、胃、十二指腸、空腸、迴腸、喉、氣管、支氣管、鼻竇、泌尿生殖道和結膜等部位菌群較少，有的只是暫時菌群。

正常菌群中的某些微生物對人體起到有益的生理作用，主要表現在以下幾個方面：

1) 對抗

正常菌群中的微生物可以形成生物屏障，通過生物拮抗作用阻止某些病原菌侵入體內。參與機體的非特異性免疫功能。其拮抗機制主要依靠營養競爭、代謝產物的影響以及溶菌酶或細菌素的產生。例如，口腔唾液中的鏈球菌在代謝過程中可產生H2O2抑制腦膜炎奈瑟菌的繁殖，對白喉也有一定的抑製作用；大腸桿菌能產生粘菌素和酸性代謝物抑制志賀氏菌的生長。益生菌比較

2) 營養作用

正常菌群參與機體的物質代謝、營養轉化和合成。正常菌群的細菌成分可以構成其宿主（人類）的營養來源的一部分。例如，分叉乳桿菌的菌體中含有多種維生素，可以促進人體的生長。細菌具有復雜的酶系統和氧化還原作用。它不僅參與人體蛋白質、碳水化合物和脂肪的代謝，而且還起到膽固醇代謝和激素轉化的作用。

3) 合成維生素

正常菌群的某些成員（如大腸桿菌）可以合成維生素B和K，可以作為人體維生素的來源，尤其是維生素K，幾乎都來自腸道菌群的合成。益生菌比較

4) 免疫力

正常菌群具有免疫原性，刺激宿主的免疫系統，使其免疫，從而限制正常菌群本身對宿主的危害。例如，大腸桿菌持續產生的微量腸毒素可作為免疫原，在誘導機體抵抗腸毒素攻擊方面發揮重要作用。

5) 抗癌作用

動物實驗表明，某些正常菌群成員（如雙歧桿菌、乳酸桿菌等）具有抗腫瘤作用。其作用機制可能與其活化巨噬細胞、促進其吞噬作用和降解某些致癌物（如亞硝胺胍）有關。