神户 的前身为大轮田港，此地因六甲山流出的良质水、温和的气候，以及群山、环海，造就出神户优美的环境。
12世纪时，平清盛留意到此地位居交通要街，遂于公元1180年（治承4年）时迁都到「福原」。接着，因对中国宋朝贸易，于是修筑大轮田港，加盖防波堤，这也就是神户港的前身。福原京在短短不到半年的时间内，即一跃成为国际港湾都市，因此在神户的历史中，「平清盛」是个不可或缺的重要人物。
公元1196年，神户东大寺的僧侣「重源」继清盛之后，继续修筑大轮田港，并奠定了港口的基础，迈向一路发展之途。直到室町时代，「兵库」成为与明朝贸易的基地，此为最盛时期。然而树大招风，这儿亦成了兵家必争之地，在室町末期终于引发应仁战火。丧失贸易机能的「兵库」，不得不拱手让出其原有之地位。
到了江户时代，经过逐渐修复兴筑，仅次于大阪。从下关到山阴，成为北陆日本沿海物资集散地，西国街道的宿场町，因而繁荣热闹。那时沿着街道开辟了兵库东边的走水、ニツ茶屋、神户の三村，这些地方都位于现在的元町通附近。当时运输批发及造酒业颇多。
公元1858年，幕府于外国的压力下，缔结了安政五国条约，其中应允对外开放兵库等五港口。但在1862年，惟恐遭受横滨的生麦事件所波及，因而认为近二万人口的兵库不适对外开放，故建筑了新的神户港（现美国码头）和外国人居留地。公元1868年，神户港正式对外开放，从此这个名不见经传的海岸，就成为日本对外的重要门户。
明治维新后，以神户港为中心，开始向外发展，公元1879年，神户村和兵库合并为神户区，并于1888年改为神户市。维新之后的兵库和神户，人口尚不及三万，但在对外开放成商港之后的70年中，人口突破70万。即使在二次大战中受一时的打击影响，但也能迅速复兴，成长为世界性的大港口。
公元1981年，神户成为世界第一个人工海上都市及人工港湾岛，同年并举办港口梨博览会。接着于1989年（平成元年）填平六甲岛，现在正进行的工程是预计于1998年完成的都市全面计划。此外，JR神户的南侧，以「创造连接大海的文化都市」为题，进行开发港口地的工程。在历史中一直脱离不了港口的神户，现在正以开发新水利工程，跃向国际港湾都市。
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