臺灣新石器時代及金屬器時代的文化與舊石器時代文化關聯性不高，較著名者有新北市八里區的大坌坑文化(位於新北市八里區埤頭里公田聚落南方，海拔約30至40公尺的緩坡上。根據考古發掘的報告，該遺址的年代在距今約7000年至4700年之間，為臺灣新石器時代最早期的一層文化。該文化不但是最早可以辨認出來的南島語系祖先型文化（包括台灣原住民），同時也是臺灣農業最早的起源地。大坌坑遺址目前被列為一級古蹟)及十三行文化(臺灣北部重要的考古遺址之一。位於新北市八里區淡水河海口交界處的南岸，挖掘出陶器、鐵器、墓葬等各類豐富的史前遺物。該遺址的主人生存於距今約1800至500年前，在文化上屬於臺灣史前時期的前鐵器時代，是目前臺灣確定幾乎接近擁有煉鐵技術但功虧一簣的史前居民，很有可能是臺灣平埔族凱達格蘭人的祖先。該遺址被訂為二級古蹟，目前保留遺址面積約一公頃，並在遺址旁設立十三行博物館)、臺北盆地的圓山文化(位於台北市中山區圓山西邊(台北盆地西邊)緩坡，面積約有2.7公頃，為全台灣最珍貴的史前遺址之一，也是罕見的多文化層遺址。依照國際通行辦法，從圓山遺址發現的新石器時代人類活動紀錄統稱圓山文化，該文化存在時間則約在西元前3300年至西元前2300年。經1897年、1953年陸續出現的考古證據顯示，該遺址主要有兩個文化層，上層為圓山文化，下層則為粗繩紋陶文化，1990年代之後，該遺址更辨認出大坌坑文化、植物園文化、十三行文化等不同時期的史前文化內涵。1988年4月25日，為一級古蹟，並積極規劃圓山史蹟公園。2006年5月1日行政院文化建設委員會重新指定圓山遺址為國定遺址。（公告文號：文資籌研字第09500017951號）)及植物園文化、臺東縣的卑南文化(位於台東縣卑南山東南端的山麓，是屬於臺灣東部之新石器時代卑南文化的一個代表性遺址。根據考古學家的推斷，該遺址存在的年代大約是距今5300至2300年前，其中又以距今3500至2300年前最為興盛。卑南遺址的面積超過30萬平方公尺，是目前臺灣所發現最大的史前聚落。此外，卑南遺址也出土了許多石板棺以及棺內精美的陪葬品，是環太平洋與東南亞地區規模最大的石板棺墓葬群遺址。目前，卑南遺址所指定的國定遺址，同時在該處也設有卑南文化公園，是臺灣第一個考古遺址公園。)等遺址。其中部分遺址中曾出土來自中國的錢幣等物品，說明部分文化可能與臺灣以外地區有所接觸。目前我們已能夠確定，新石器時代（始於紀元前5,000年）以來的史前文化，是臺灣南島語系民族的遺留。

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