馮友蘭《中國哲學史》兩卷本是首部完整闡述中國哲學發展歷史的著作。

在它之前，胡適的《中國哲學史大綱 (卷上)》僅涵蓋先秦。儘管後來有《中國中古思想史長編》及《中國中古思想小史》發表，胡適並未對魏晉以後的哲學史予以系統的清理。

對全部中哲史進行清理，馮友蘭是第一人。

馮友蘭對中國哲學史研究的另一大貢獻是：他嘗試同情地了解各期哲學家的思想。這裡說的「同情地了解」，是相對胡適而言。

胡適談孔孟老莊，幾乎是從孔孟老莊擷取西方哲學中有關語言邏輯的部份。《中國哲學史大綱 (卷上)》前身為《先秦名學史》，《先秦名學史》的英文名正是 The Development of the Logical Method in Ancient China。偏偏中國先哲不擅長理論建構而好談倫理道德、人生價值，胡適的入路實際是達不到對中國先哲的客觀如實的理解。

馮友蘭和胡適不同的地方是，他直接本著經典作詮釋，甚至讓經典自身說話。看過《中國哲學史》兩卷本的人，常有一種感覺，覺得大段大段引文沉悶乏味。其實，之所以要大段徵引，不加解語，就是要讓史料自身發聲。歷史系研治思想史的學者們較喜歡用馮氏兩卷本作參考書，就是因為它符合撰寫歷史的筆法。

不過，馮友蘭並非沒有自身的哲學立場。他篤信西方新實在論，對康德的道德形上學、黑格爾的絕對精神全無了解。在解釋先秦諸子時，問題尚未浮現，一去到宋明理學，解朱子的「理」、「朱陸異同」時，就開始強不知以為知，把「理」解成柏拉圖的理型，把朱陸之別看成客觀主觀唯心主義之爭。朱子的「理」從未脫離「大哉乾元，萬物資始」的規範，是生生天道，怎會是杯的理型、飛機的理型之類？至於唯心主義，是西方形上學的一個派別，西方形上學是觀解的、理智的形上學，不是道德實踐的形上學。朱陸同重道德實踐，怎會是唯心主義者？

牟宗三批評馮友蘭的《中國哲學史》兩卷本是「膿包哲學」，他說：

「說到馮友蘭的《中國哲學史》，是比胡適進了一步，至少表面上很像個樣子，一直到現在，西方人認為中國哲學史，還是以馮友蘭所作的為最好，余英時也這樣說。但他的討好，其實是表面的，因為他此書有一討巧的地方，平常人看不出來。他用的是選錄方式，西方人寫哲學史大體是用詮釋的方式。選錄方式不是不可以，但馮友蘭作這本書很狡猾，說好聽是很謹慎，所以很能保持一種『學術謹嚴』的氣氛。因為他很少對所引的文獻加以解釋，他盡量少說自己的話，盡量不做判斷，所以讀者實在很難猜透他到底對那些文獻懂呢？還是不懂？到了他該說話時，他就說幾句不痛不癢的話。若有真正下論斷的大關節，則一說便錯，由此，我們便可看出他實在不了解。所以很早我就說他這本哲學史是『膿包哲學』，膿包的特性是外皮明亮精光，但不可挑破，挑破便是一團膿，我是一向不欣賞那種書的。這本哲學史大體上卷還像樣，主要是他用了他那一點邏輯知識整理了名家，有一點成績，其他講儒家、道家都不行。先秦都講不好，後來魏晉道家、隨唐佛學更難講，他根本是門外漢，於宋明理學更是門外的門外。他以為他懂得朱夫子，但他何曾知道朱夫子是理學家，不是西方的新實在論，他以西方的新實在論來解釋朱子，這當然是不相應的。他後來又講『新理學』，以程朱自居，這都是妄人妄作......近代中國人對中國哲學的討論就未上軌道，像馮友蘭的《哲學史》，對中國哲學的發展中歷代各期哲學核心問題根本未接觸到，更遑論有什麼有價值的討論。以如此之書，而不論中西都公認它是一本代表作，這表示這一代的中國人實在太差勁了，不但對不起祖宗，也對不起世界，這真是這一代中國人的恥辱。」(＜客觀的了解與中國文化之再造＞)

撇開宋明理學，即使是南北朝隋唐佛學，馮友蘭也不了解，錯解固然難免，最不幸是篩選原始材料都有問題。牟宗三說：

「又如署名慧思作的《大乘止觀法門》，我在東海大學時便抄錄了全文，它比較容易看，而且很有系統，但是它不能代表天台宗；它是一本偽托的書，以前陳寅恪先生已經注意到了，他認為是習華嚴宗者的假托，他的見解，我是由馮友蘭的《中國哲學史》裡知道的，但是馮友蘭沒有確定陳寅恪先生的說法，所以他依然依據《大乘止觀法門》一書來論述天台宗，好多人都是如此。這皆由於不明天台宗義理的緣故，亦由於面對天台文獻而不能讀，甚至亦不知何者是天台文獻的緣故。」(《我的學思經過》)

《中國哲學史》兩卷本的哲學水準如何，大家可略窺一二。

然而，馮友蘭把二程兄弟分開，謂程顥思想近似陸九淵心學，程頤思想近似朱子理學，為牟宗三的「三系說」鋪了路。他談明代理學轉入清代考據學，專辟一章「清代道學之繼續」，亦啟發了余英時用「內在理路」方法研究戴震與章學誠。

大概在開出一新學術議題供後人爭議、發揮上，馮友蘭是有貢獻的。他的不足在於未有就某一議題深入用功。