馬英九在就任一週年記者會上表示「那裡流失主權？」，台聯主席黃昆輝表示，馬英九就任一年以來，兩岸關係的互動節節敗退，主權流失比比皆是，馬英九身為法學博士，竟然視而不見！為了討好中國，自我矮化、降低國格，還對內大言不慚，真是悲哀！台灣人民應該擦亮眼、看清楚馬英九的二面手法、內外有別！

黃昆輝說，馬英九面對國人的質疑，竟然還大剌剌說「那裡流失主權？」，臉不紅氣不喘。黃昆輝說，馬政府根本不將台灣視為一個國家，竟然還說台灣是「地區」，這樣的心態當然談主權太奢侈！黃昆輝表示，以最近的例子，這幾天馬政府欣喜若狂，列為最大成就的，加入WHA會議，事實上，也只是另一次以主權換取出席的最佳例證。黃昆輝說，大家都知道，２００５年中國和ＷＨＯ祕書處簽下備忘錄，中國要求台灣必須在是中國的一省下才能參與ＷＨＯ。現在，葉金川參加的還只是ＷＨＡ，是世衛大會而己，根本和成為觀察員或會員國，相差十萬八千里遠，最重要的是，葉金川喜孜孜的出席，不就是「背書」、「接受」該備忘錄，自我承認「台灣是中國的一部分」？因此，葉金川才不敢面對台灣學生的質疑「為什麼WHO官網上，把台灣明列為中國的一省」。黃昆輝說，他要大聲問馬英九：自我承認為「中國的一省」，這樣還不算是喪失主權？要投降、直接被併吞才算嗎？他要求馬英九站出來說清楚。他更抨擊馬英九所有一切的兩岸交流，都是以「犧牲主權」換來的，等到台灣的主權都賣光了，我們換來的也只有「被併吞」了！

另外，黃昆輝再舉兩岸直航為例，現在的兩岸直航就是典型不顧主權的安排：

1.不談延遠權，不僅置我國航商利益於不顧，更等於是宣告兩岸航線是「國內航線」，因為，只要是國際航線沒有不能延遠的。這是中國刻意造成「國內線」的形象，而馬政府甘之如貽。這不是喪失主權嗎？

2.根據國際民航公約及公海公約等相闗國際法規定，航空器、船舶都具有國籍，被視為國家領土的延伸。這是馬英九在擔任陸委會副主委時，所撰的「兩岸直航的問題與展望」明白寫的，航空器應標明國籍(國旗)標誌，船舶應懸掛國旗。那麼，請問目前兩岸直航往來的航空器有國旗在上面嗎？船舶有懸掛國旗嗎？這不是喪失主權嗎？馬英九甚至當時還說：「如果不掛國旗，不但違反相關的國際法與國內法，還可能被視為無國籍船或涉嫌從事非法活動，而受到他國軍艦的登臨與檢查。」

3.配合中國視台灣為地方政府，禁止外籍機船來往兩岸：對於直航，馬英九當年更指出「中共為了矮化我方為地方政府，一向宣稱兩岸航線為其國內航線，屬於境內專屬營運權，根本禁止外籍機、船營運。」馬英九既然看清楚，中國是因為「把台灣視為地方政府」，所以，禁止外籍機、船營運，現在的兩岸航線就是完全按照中國劇本，禁止外籍機船通行，這不是卻呼應中國「將台灣視為地方政府」的作為嗎？這不是喪失主權是什麼？

4. 開放直航對國家安全造成壓縮，算不算主權的流失呢？台灣對中國航空人員、旅客來台的安全性，不僅完全沒有警覺，而且也沒有能力防範。根據一位中國海外民運人士的消息，他被警告，如果來台灣，中共很可能在機場入境海關之前，將旅客擄進中國航空器之內，形同綁架，一旦進入中國航空器，台灣方面一點辦法都沒有。黃昆輝提醒大家，當年蘇俄進軍阿富汗就是利用民航機暗藏游擊隊，佔領機場，進而擴大佔領的。這樣對台灣安全的威脅，不是對主權的威脅？

5.兩岸航運協議完全迴避國家主權，不是喪失主權？兩岸所簽的協議，對於可能引發爭議糾紛的相關議題，馬英九自己寫的：「很難不比照國際慣例辦理」，但結果卻僅以「依航運慣例有關規範」處理，這樣完全迴避國家主權象徵的用字，這不是喪失主權嗎？

馬英九自己說：「兩岸直航牽涉複雜的航權談判及海、空運協定的簽訂與執行，勢難排除兩岸官方的參與。而在目前中共否定我方為對等政治實體的情況下，除非我方依照中共「一國兩制」的安排，承認中共為中央政府，我方為地方政府，否則根本無從進行」。試問馬英九，現在兩岸的直航是表示我們承認中共為中央政府了嗎？這樣還不是喪失主權嗎？