行政院大力推動的六大新興產業行動方案預算編列方式，遭立法院預算中心嚴厲批評，指行政院未依法檢附整體產業發展計畫，以及成本效益分析報告，送交立院備查，加上其預算編列散見於各種預算形式中，過度包裝，有「疊床架屋」之虞。

行政院推動六大新興產業行動方案，包括生技起飛鑽石行動方案、文化創意產業發展方案、綠色能源產業旭昇方案、觀光拔尖領航方案、健康照護升值白金方案，以及精緻農業健康卓越方案等。

預算中心指出，行政院將六大新興產業發展方案列為明年度建國百年施政計畫，總共編列高達360億元預算金額，政府挹注資金龐大，但在總預算書中只有「簡單描述」。

預算中心表示，由於六大新興產業發展方案多為跨年度、跨部會大型計畫，包括多項子計畫，甚至部分計畫間具關聯、重複性，根據預算法規定，行政院應提供完整產業發展計畫及成本效益報告，否則立法院預算審查時，將難以瞭解整體產業政策、整體預算編列情形、是否重複編列、如何執行、如何分工等。預算中心強調，政府預算編列方式，缺乏一致性，更將使總預算失真。