馬政府同意達賴喇嘛來台，外界高度關切包括ECFA在內等兩岸關係進程會不會受到影響；政府高層表示，政府定位達賴喇嘛來台為宗教活動，達賴會不會與綠營政治人物會面，政府不會限制，但官方處理與達賴的互動絕不會違背此原則，相信兩岸關係不至受到影響。

對綠營立委呼籲馬總統主動接見達賴，官員反問「與政治人物見面算是宗教活動嗎？」間接證實馬總統不會有會見達賴的安排。

至於馬總統會不會和達賴在法會上自然見面，官員透露，這段時間以來各方請總統出席法會的邀請不斷，總統府早已決定馬總統只出席八八水災滿一個月、由政府舉辦的聯合法會，連蒙藏委員會與全國藏傳學會團體於8月30日上午舉辦的聯合超渡大法會，都沒有安排出席；換言之，馬總統出席達賴法會的可能性目前看來並不高。

官員並表示，各方請見總統，依程序都應提前申請，目前總統府並沒有接到安排達賴喇嘛與馬總統見面的申請，也沒有相關單位邀請馬總統出席達賴主持的法會。

高層指出，達賴議題涉及大陸的主權，對大陸而言是不能碰的禁區，馬政府上任後努力改善兩岸關係,「建立互信」成為雙方努力的目標，達賴來台後，官方與達賴的互動勢必成為外界研判往後兩岸關係氣氛的指標。