研究報告指出，慢性Ｃ型肝炎的治療應該及早開始，可以避免肝臟細胞因一再發炎而走向肝硬化，同時也可以降低肝癌發作的機率。
　　Ｃ型肝炎治療的目標，除了希望肝臟發炎的情況獲得改善，使肝功能恢復正常外，還希望能夠將患者體內的Ｃ型肝炎病毒根除，使Ｃ型肝炎完全治癒。目前用來治療Ｃ型肝炎的藥物以干擾素為主，針對患者不同的情況，以不同劑量、不同型式的干擾素，或是合併其它的藥物一起治療。

●干擾素簡介

　　干擾素其實是人體中本就存在的一種物質，當病毒侵入人體後，人體的免疫系統會產生干擾素，它可以刺激肝臟產生特殊的蛋白質，而這種蛋白質則可抑制肝炎病毒進入肝臟細胞及其在肝細胞內之複製，減少對肝臟細胞的傷害。
　　一般來說，當病毒侵入人體後，正常人都會產生干擾素加以對抗，阻止病毒在體內蔓延，但是對於大部分的慢性肝炎的患者，其血清中所測得干擾素的量極低，顯示體內干擾素分泌之能力，已趕不上病毒大量複製的速度。
干擾素分α、β、γ三大類，現在臨床上常用來治療慢性病毒性肝炎的主要是α干擾素。

●干擾素單一療法

　　單獨使用干擾素治療Ｃ型肝炎已經有十多年的歷史了，是以干擾素300萬單位一星期注射三次，連續注射六個月。這種療法雖然有其療效，但是只有一至二成的人可以將體內的Ｃ型肝炎病毒清除，效果顯然並不理想，再加上干擾素的副作用大，因此一般民眾的接受度並不高。

●干擾素合併Ribavirin療法

　　近年來，醫學界研究使用干擾素合併口服Ribavirin療法，療效大為提高，因此成為Ｃ型肝炎治療的主流。
　　Ribavirin主要是用來抑制病毒核糖核酸的合成，最早是在小兒科用來治療小孩子的呼吸道病毒感染，原本期望它也能夠治療Ｃ型肝炎，但是研究發現單獨使用Ribavirin治療Ｃ型肝炎的療效並不明顯，若和干擾素合併使用，可以產生不錯的治療成果。
　　目前使用合併療法治療六個月且停藥半年後，約有40%~50%的人血清中檢測不到Ｃ型肝炎病毒，治療效果比干擾素單一療法要好很多。
　　Ribavirin的副作用主要是會產生溶血性貧血。治療過程中，醫師會定期檢查血紅素，若血紅素下降至相當程度要減低使用劑量甚至停藥。除此之外也可能會造成畸型胎，所以在治療當中及停藥後六個月至一年內都需要避孕。
　　除此之外，也有人會出現咳嗽、呼吸困難、面部潮紅、皮膚搔癢、失眠或是食慾變差等症狀，不過這些症狀都不嚴重，而且可經由藥物改善。

●長效型干擾素療法

　　傳統的干擾素一星期需要注射三次，對患者造成相當大的困擾，效果又不佳，因此醫藥界將干擾素經過聚乙烯二醇化（Pegylation）的過程之後，製造了一種新型態的干擾素，也就是長效型的干擾素（Pegylated interferon,Peg-IFN）。這種長效型干擾素在注射後可以持續的被吸收，加上在體內的代謝較為緩慢，所以它的使用頻率就降低為一星期注射一次，對患者而言方便許多。
　　長效型干擾素也會產生副作用，它會出現的症狀和傳統短效型的干擾素差不多。
　　臨床上使用的長效型干擾素有先靈葆雅藥廠生產的Peg-IFN α-2b，其商品名稱為Peg-Intron，注射劑量為每公斤體重1.5微克，目前已經在台灣上市。
　　另有羅氏大藥廠生產的Peg-IFN α-2a，商品名稱為Pegasys，注射的劑量以180微克的效果較好，已經在2003年7月引進台灣上市。

●干擾素常見的副作用

　　干擾素的副作用雖多，並不是接受治療的每個人都會出現，也不是每一種副作用都會出現，因為各種副作用會出現的機率相差非常多，而且有部分的副作用是可以使用藥物來改善的，如：發燒、頭痛等，可以服用退燒、止痛藥物；失眠也可以服用安眠藥，避免因為睡眠品質不佳造成工作或是生活上的困擾。因此，在治療過程中，必須定期至門診追蹤檢查，由醫師評估是否需要調整藥物及其劑量。

◎ 類似重感冒的症狀：第一次接受干擾素注射治療約四小時後，通常會出現發燒、畏寒、疲倦、肌肉酸痛、頭痛、食慾不振等類似重感冒的不適症狀，這些副作用經常在注射幾劑之後就會逐漸減緩。

◎ 掉髮：少部份的人會輕微掉髮，不過停藥後可自然恢復。

◎ 白血球及血小板數目降低：干擾素會抑制骨髓造血系統，臨床上會出現白血球及血小板數量輕至中度降低的現象，也因此使用干擾素的病人，必須定期抽血檢查血球數目。幸而大部份的病人血球數目下降都不嚴重，必要時需減低使用劑量，甚至停藥，而停藥之後，血球數應可逐漸上升。如果患者血小板或白血球數目太低則不適合接受干擾素治療。

◎ 精神狀態的副作用：少部份的患者在使用干擾素一段時間後會變得比較焦慮、憂鬱、煩躁、疲倦及容易失眠，如果症狀相當嚴重，就必須考慮停藥。曾有憂鬱症病史者，更需小心的使用。

◎ 誘發自體抗體：部分患者使用干擾素也可能誘發自體抗體（攻擊體內正常組織的抗體）的發生，所幸很少人會因這些自體抗體而導致疾病，僅有少數病人會罹患自體免疫甲狀腺病變。

◎ 腸胃症狀：患者可能會有輕微的食慾不振，噁心及腹瀉。