20世纪80年代初，经济体制的改革起步于农村。改革的成功推动了生产力的迅猛发展，也使原有的社会结构迅速解体。农村实行家庭承包制，农民已演变成经济利益各自独立的不同群体，以党支部为核心的村级管理控制能力普遍下降。农民对现代社会实行的法制与经济手段适应性较差。新的基层管理体制建立滞后，人心涣散，弊端滋生。农村改革转型时期，社会结构的失范，基层权利的弱化，主流价值的失落，使邪教势力趁机死灰复燃。特别是在落后的偏远地区，迷信、巫术文化传统久远，社会土壤深厚，有利于各种邪教势力的滋生发展。

　　据治安部门统计，20世纪80年代以后，全国各地的邪教组织即会道门，每年都以10%～30%的速度增加。全国除西藏外，各省市都有邪教组织活动。其中河南、陕西、四川、云南等省邪教势力较为猖獗。其势力活跃的地区主要是偏远山区和农村，这些地区大多经济落后、交通闭塞、传统迷信文化浓厚。这些邪教组织多数为余孽势力的死灰复燃。如：一贯道子弟龚贤哲，以一贯道经书《金母血书》为教义，自称“大道师祖”，策划复辟“先天大道”(一贯道支派)。他在云南省曲靖、楚雄等地秘密培训骨干、发展道徒。该邪教组织密谋造反，教主气焰嚣张，声称“要立新皇帝，建中华国”，改年号为“顶古永和”。其以身试法，终被惩治。

　　这一阶段，危害最大的邪教组织是土生土长的门徒会。1985年，陕西省耀县农民季三保歪曲《圣经》，自称是“神所立的基督”，杜撰邪教教义“七步灵程”，宣称“世界末日来临”、“信教的上天堂，不信的下地狱”，四处传播。1989年，季三保在其家中“拣选”“十二门徒”，组织“门徒会”。该邪教组织严密、建立秘密据点、单线联系、暗号接头，起初“门徒会”在陕西省、湖北省、四川省交界的偏远贫困地区，以“教内周济”、“祷告治病”等方式吸引民众，势力迅速蔓延。至1995年，已在15个省120个地(市)的681个县(市)发展信徒多达35万人。该邪教散布邪说、蛊惑人心、奸污妇女、诈骗钱财，妄图改朝换代，其骨干散布“现在是黑暗当道，魔鬼掌权”，扬言要“推翻黑党，砸烂黑政府”，煽动信徒闹事，围攻政府。经各省公安部门联合行动，依法惩处犯罪分子，其组织基本被摧垮。

　　这一阶段从境外传入、势力最大的邪教组织是“呼喊派”。“呼喊派”由美籍华人李常受于20世纪60年代中叶在美国加利福尼亚州创立。因其倡导信徒在聚会时，用大声“呼喊主名”的办法“释放灵”，被称为“呼喊派”。该组织歪曲解释基督教经典，篡改传统的宗教仪式，被国内外宗教界视为异端。“呼喊派”一贯敌视中国共产党和人民政府，采取全方位、多渠道、大规模的战略，向大陆渗透传教。自1979年起，该组织在香港设立专门机构，投人大量人力、物力、财力，不断派遣人员，以旅游、探亲等名义作掩护，入境进行秘密活动。该邪教首先在浙江、河南、福建三省的农村地区建立组织，并迅速向其他省市发展蔓延，短短几年内波及20个省市，遍布大江南北，受蒙骗的信徒达数万人。“该邪教”多次被查禁取缔之后，其骨干分子又多次改头换面，东山再起，演变派生出一个个新的邪教组织，如“被立王”、“中华大陆行政执事站”、“主神教”、“全范围教会”等等。