自幼學習鋼琴， 1989年起，跟隨 徐頌仁教授修習鋼琴與指揮，並開始擔任多次歌劇演出的鋼琴排練，如浦契尼的〝托斯卡 (Tosca) 〞、亨伯定克的〝漢賽爾與葛麗泰 (Hänsel und Gretel) 〞、及莫札特的〝後宮誘逃 (Die Entführung aus dem Serail) 〞等，大學期間，曾任台大合唱團指揮及鋼琴伴奏。

  邱君強於完成台大化工系的學業後，隨即前往德國，考入柏林藝術大學 (HdK Berlin, 即現在的Universität der Künste Berlin)就讀，主修指揮，受教於傑利畢達克(S.Celibidache)嫡傳弟子Carl A. Bünte教授，同時亦獲得Hans-Martin Rabenstein教授的指導。在學期間，曾於鋼琴及指揮名家阿胥肯納吉(Aschkenazy)座前演奏，並獲指導，此外，亦定期指揮柏林交響樂團(Berliner Symphoniker)與柏林藝術大學交響樂團的演出，並多次參與柏林藝大戲劇系的歌劇製作，與知名導演Peter Stein及Dagny Müller教授共同工作，且多次受邀於柏林及巴登巴登等地的各劇院舉行演出。

   1995年時，受邀回台指揮音樂劇〝西哈諾(Cyrano)〞在國家劇院的首演，及在台各地的多場演出；1998年，擔任歌劇〝魔笛〞的指揮，在台北國家劇院成功演出數場。

  2000年初，邱君強被聘任為布拉格國家劇院(Národní Divadlo)的助理指揮，擔任知名指揮如B.Kulinsky、J.Kout、O.Donanyi、E.Howarth、P.Feranec、J.Bèlohlávek、K.Sollak、F.Preisler及Sir Ch.Mackerras等人的助理，並曾與國際知名導演Robert Wilson合作。

  2002年5月，邱君強在布拉格國家劇院首次登台，於莫札特歌劇〝喬凡尼先生(Don Giovanni)〞首演之地Stavovské Divadlo指揮此劇的演出，獲得極佳的評價，此後即擔任〝喬〞劇及另一歌劇〝魔笛(Die Zauberflöte)〞在布拉格國家劇院演出的指揮；除了傳統歌劇，邱君強亦於2002年10月，受新任劇院總監D.Dvorák指定，擔任德國作曲家Hans W. Koch的歌劇〝Unbezahlbare Arien〞世界首演的指揮。

  同時在台灣方面的演出，邱君強受中正文化中心之邀，於 2004年10月首次與國家交響樂團(NSO)合作，於十七週年戶外星光音樂會中擔任指揮，其後，陸續與長榮交響樂團、國立台灣交響樂團、樂享室內樂團、台北愛樂青年管弦樂團及高雄市立交響樂團合作演出。

  2005年春季，與德國國立萊茵歌劇院合作，參與華格納全套的「尼貝龍指環」在捷克布拉格國家劇院的歷史性首演，擔任名指揮家John Fiore的助理一職。

  2006 年11月起，接任國立台灣交響樂團常任 指揮 。